HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysis
HOMER軟件使用Perl和C++編寫嫌褪，可在UNIX系統(tǒng)流暢運行
conda install homer
~/miniconda3/bin/conda install -c bioconda homer
#利用conda安裝 homer
Proceed ([y]/n)?
#詢問是否安裝 y
find -name homer
#查詢homer所在目錄 ./miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer
在命令行輸入'R'，安裝兩個R包（DESeq2和EdgeR）：
BiocManager::install("edgeR")
library("DESeq2")
library("edgeR")
q() # 退出R
提取對應的列給HOMER作為輸入文件污抬，peak文件格式：該文件格式需要五列信息（使用Tab分隔），分別是 peak ID , chr , start , end ,strand 秧饮。
awk '{print $4"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' SRR13764807_macs2_summits.bed > SRR13764807_peak.txt
下載perl版本與homer用到的perl版本匹配
wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.24.4.tar.gz
tar -xzf perl-5.24.4.tar.gz
cd perl-5.24.4
./Configure -des -Dprefix=$HOME/localperl
make
make test
make install
~/miniconda3/perl-5.24.4/perl
參考官方網站Perl Source - www.cpan.org
下載hg19基因組
~/miniconda3/perl-5.24.4/perl ~/miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer/configureHomer.pl -install hg19
開始啦~ 用法如下
findMotifsGenome.pl <peak/BED file> <genome> <output directory> -size # [options]
示例
~/miniconda3/perl-5.24.4/perl ~/miniconda3/bin/findMotifsGenome.pl ~/chipseq/fastq/clean_data/macs2/SRR13764807_peak.txt ~/miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer/data/genomes/hg19 ~/chipseq/fastq/clean_data/homer_output -size 200 -mask -len 8,10,12
-mask : 該參數告訴motif分析程序于宙，在得到一個可能的motif之后摩梧，在后續(xù)的motif分析中是否排除該motif的影響柴灯。有點類似于抽樣調查中的無放回抽樣卖漫。
-size: 指定用于motif分析的片段長度，默認為200赠群；
-len：motif大小設置羊始，默認8,10,12；越大需要得計算資源越多
HOMER Motif Analysis - 根據ChIP-seq和ATAC-seq的peak結果尋找可能binding的motif
Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) - 核心的腳本
