一、與linux的再次相識(shí)
首先是下載我們生信需要用到的miniconda,說(shuō)是要安裝最新版本(latest)俗他,我當(dāng)時(shí)以為是找時(shí)間最新的脖捻,沒(méi)想到是帶latest字樣的阔逼,當(dāng)時(shí)一頓操作,弄錯(cuò)了地沮,重新再來(lái)
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ #這個(gè)就好
后來(lái)在安裝時(shí)又出了毛病嗜浮,真是一波三折
第一次安裝,讓我已經(jīng)產(chǎn)生恐懼摩疑,已經(jīng)有了miniconda3這個(gè)目錄了危融,記得一定要在上層目錄下刪除這個(gè)。
安裝成功標(biāo)標(biāo)志雷袋,把我高興壞了吉殃、
實(shí)在不會(huì)安裝:鏈接:https://share.weiyun.com/5J82l9g 密碼:iwcd4k(花花老師貼上熱心視頻,雖然只有短短的幾十秒楷怒,但是花花老師已經(jīng)把她對(duì)小白的關(guān)懷放在這里了蛋勺,寫(xiě)到此處,哽咽三次)
2.添加鏡像(用清華的鸠删,速度更快抱完,如果出國(guó)了,就用國(guó)外的就行了)
# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3.使用conda刃泡,用conda list就行巧娱,要使用它就先安裝它(conda install fastqc -y),和R語(yǔ)言一樣烘贴,新版本不一定好用禁添,有的需要老版本,用這個(gè)(conda install fastqc=0.11.7 -y)桨踪,卸載把install改為remove就可以了老翘。