今天水一篇文章吧，學(xué)做一篇Nature cell biology文章里面的一張圖抚岗，文章中是用來表示通路富集了或杠，當(dāng)然了我還是那句話，圖可以表示很多內(nèi)容宣蔚，就看你自己的用意了向抢。文章圖片如下：
image.png
這幅圖其實(shí)是疊加圖，底層是一個(gè)離散型熱圖胚委，上層是一個(gè)氣泡圖挟鸠，氣泡大小表示富集基因的多少，熱圖則表示通路的FDR亩冬。
讀入通路富集結(jié)果艘希，并對(duì)P值分類硼身。
setwd("E:/生物信息學(xué)/GO多組氣泡圖")
A <- read.csv("GO多組氣泡圖.csv",header=T)
A$p <- ''
A$p[which(A$Padj <1.37e-06)]='<1.37e-06'
A$p[which(A$Padj <8.40e-15)]='<8.40e-15'
A$p[which(A$Padj <3.86e-16)]='<3.86e-16'
作圖：
library(ggplot2)
ggplot(data=A,aes(x=Group,y=Description))+
geom_tile(aes(fill=p),
color="black")+
geom_point(aes(size=GeneRatio), color="orange")+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.title = element_blank(),
#legend.title = element_blank(),
axis.text.x = element_text(angle=45,hjust=1))+
scale_fill_manual(values = c("#b8b8b8","#4b4b4b","#242424"))+
labs(fill="FDR")
image.png
為什么我們做的圖有些框框沒有，是因?yàn)橛行┙M沒有的通路我們直接略了覆享，所以沒有顯示結(jié)果佳遂，如果要做到和文章中一樣，可對(duì)這些地方填充撒顿。
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