花花提示了頓號(hào)贡耽,說明前面的不規(guī)范匙头,改琉历!
進(jìn)入正題舞萄,今天學(xué)習(xí)在Linux下安裝軟件
一.安裝流程
1.準(zhǔn)備工作:安裝 bzip2
yum install -y bzip2 #安裝 bzip2
2.安裝號(hào)稱“app store"的軟件管理miniconda
- 準(zhǔn)備好miniconda 網(wǎng)址,一會(huì)放入命令里就自動(dòng)鏈接安裝
去官網(wǎng)找miniconda的下載鏈接誊稚,右鍵復(fù)制
- 登陸putty,進(jìn)入目錄biosoft下
cd biosoft
wget +鏈接 #(剛才miniconda的下載鏈接切心,例如 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
- 運(yùn)行鏈接(發(fā)現(xiàn)代碼背景是黑色飒筑,不好看,以后就用引用段落替代吧)
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## (發(fā)現(xiàn)代碼背景是黑色绽昏,不好看协屡,以后就用引用段落替代吧)
接下來是閱讀安裝許可,點(diǎn)擊鍵盤Enter就行全谤,大概9-11次肤晓,然后看到顯示要輸入 yes/no 的時(shí)候,輸入 yes,運(yùn)行认然,再按enter
- 等待安裝
- 出現(xiàn)提示yes\no,輸入yes
-
安裝成功补憾,就會(huì)顯示 thank you for installing miniconda3!9(如下圖)
安裝成功
最后關(guān)鍵一步,激活conda
source ~/.bashrc
- 加載鏡像(一行行復(fù)制卷员,我也不知道為何不能一起復(fù)制運(yùn)行盈匾,/(ㄒoㄒ)/)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
完美!
二.開始玩conda啦(安裝和卸載軟件)
- 查看軟件列表
conda list
- 搜索軟件
conda search fastqc
- 安裝軟件
conda install fastqc -y
ps:花花說毕骡,加上-y是自動(dòng)安裝削饵。
可能就是最后安裝好了會(huì)問你yes\no,這里加 y ,是一起運(yùn)行了yes的意思未巫?
- 卸載軟件
conda remove fastqc -y
最后前面會(huì)多出一個(gè)(base),不要緊窿撬,澤哥解釋如下:
因?yàn)槟惆惭b了conda,現(xiàn)在的conda默認(rèn)就會(huì)在前面加上默認(rèn)的環(huán)境名稱叙凡,也就是base
如果你切換到其他的小環(huán)境劈伴,那么base就會(huì)改變。只是conda的一個(gè)提醒功能而已
|~~~明了哈哈
前期準(zhǔn)備工作比較多握爷,加油
今日安裝沒有報(bào)錯(cuò)跛璧,簡(jiǎn)直太感動(dòng)了,感謝花花和前面的人的摸索新啼,提供了經(jīng)驗(yàn)