1.Miniconda
1.1 下載
終端（命令行）運(yùn)行：
wget -c -6 https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
-c命黔，斷點(diǎn)續(xù)傳
-6烈评，ipv6
或點(diǎn)開下列網(wǎng)頁(yè)后自行選擇下載
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
https://repo.continuum.io/miniconda/
https://conda.io/en/latest/miniconda.html
1.2 安裝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.3 測(cè)試
conda list
2.sratoolkit
#安裝
conda install -c daler sratoolkit
conda search -c bioconda sra-tools#親測(cè)OK
sudo apt-get update#更新軟件源
sudo apt install sra-toolkit
#測(cè)試
prefetch
或
2.1 下載安裝包
命令行下載
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz
網(wǎng)頁(yè)下載
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
2.2 解壓
tar -xvzf sratoolkit*ubuntu64.tar.gz
2.3 導(dǎo)入環(huán)境變量
vi ~/.bashrc
source ~/.bashrc #(使配置生效）
3.fastqc&fastp
#安裝
conda install -c bioconda fastqc
conda install -c bioconda fastp
#測(cè)試
fastqc
fastp
4.Hisat2
遇到過(guò)conda無(wú)法安裝hisat2的經(jīng)歷揩抡，可能原因?yàn)閏onda自帶python版本是3.7.3般堆，而hisat2需要2.7或3.6转培。解決方法為換一個(gè)低版本的conda。
#安裝
conda install -c bioconda hisat2
#測(cè)試
hisat2
5.samtools
#安裝
conda install -c bioconda samtools
#測(cè)試
samtools
6.stringtie
#安裝
conda install -c bioconda stringtie
#測(cè)試
stringtie
7.Htseq
安裝
conda install -c bioconda htseq
或者
conda install -c bioconda htseq=0.9.1
測(cè)試
htseq-count -h
