生信隨筆-寫(xiě)于20211225

1.確定好研究方向后,開(kāi)始下載數(shù)據(jù)之后,觀察下載的數(shù)據(jù)大體分布堆缘,特別樣本量不是很大的時(shí)候范嘱,記得去除異常值送膳。

2.微RNA (miRNA) 是一種靶向多種mRNA 并通過(guò)觸發(fā)翻譯抑制和/或 RNA 降解來(lái)調(diào)節(jié)基因表達(dá)的非編碼小RNA 分子。也就是miRNA的靶基因是mRNA,mRNA是唯一的編碼RNA丑蛤,miRNA叠聋,LncRNA是非編碼RNA。例如miRNA——調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄——結(jié)合mRNA導(dǎo)致基因沉默——導(dǎo)致靶基因下調(diào)受裹。

3.所有數(shù)據(jù)庫(kù)提供的都是RNA(基因)表達(dá)譜碌补,可以通過(guò)R中的Tinyarray包找到對(duì)應(yīng)的LncRNA,詳情見(jiàn) https://gitee.com/swcyo/tinyarray

如何預(yù)測(cè)和鑒定miRNA的靶基因棉饶?

詳情見(jiàn): https://zhuanlan.zhihu.com/p/110357532


研究思路

1.基因兩兩配對(duì)后建模型除了貪婪算法組合出最佳組合外厦章,也可以通過(guò)Lasso算法,建出一個(gè)有系數(shù)的基因?qū)δP驼赵澹@樣可以畫(huà)出3年或者5年的ROC曲線袜啃,臨床療效評(píng)估,3年不復(fù)發(fā):臨床認(rèn)為基本治愈幸缕;5年不復(fù)發(fā)囊骤,:臨床上認(rèn)為完全治愈晃择。這也是算AUC的意義所在。

KM曲線cutoff值怎么確定

http://www.reibang.com/p/11d2cf8d1e28

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