linux環(huán)境下的軟件安裝
軟件管理器 conda系列
linux系統(tǒng)中方便快捷的下載器 -- conda 迟杂，相當(dāng)于我們的軟件商店章郁，大致常見的軟件包管理器有下面這些：
conda：大boss，一個大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器愿题；
miniconda : 區(qū)域經(jīng)理堪旧，業(yè)務(wù)范圍：conda + python + base packages
anaconda : 總管涩禀，職務(wù)比conda低曹货，業(yè)務(wù)范圍：miniconda + 150 high quality packages
其中咆繁，miniconda主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域，也是官方推薦最easy的方式
操作
- 創(chuàng)建biosoft目錄
mkdir biosoft
- 下載miniconda
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活conda
source ~/.bashrc
- 添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
注：一次性全部復(fù)制顶籽，一起回車
- 查看軟件列表
conda list
- 搜索軟件
conda search fastqc
- 安裝軟件
conda install fastqc -y
