剛剛發(fā)在iScience上的文章
1. 髓系細(xì)胞，T細(xì)胞和成化學(xué)纖維細(xì)胞是心肌炎小鼠心臟中主要富集的細(xì)胞
作者對(duì)CON和CVB3造模21天的小鼠心臟進(jìn)行了消化阀捅，annexin-V 和 propidium iodide 染色胀瞪，隨后進(jìn)行了annexin-V-PI-流式分選。CON和D21每組消化了7個(gè)心臟饲鄙，每組上了16000個(gè)細(xì)胞（每組就一個(gè)樣）(Fig 1A)凄诞。一共測(cè)的了22985細(xì)胞（CON: 9734, CVB3: 13251）忍级，聚成了26類(Fig 1B)帆谍。大體上所有的細(xì)胞群還是在兩組間都有的(Fig 1C)轴咱。注釋是用兩種方法做的：ImmGen和SingleR汛蝙。Fig 1D和E展示了cluster的細(xì)胞群評(píng)分和經(jīng)典marker基因，最終注釋得到12個(gè)群(Fig 1F)窖剑。Fig 1G展示了每個(gè)細(xì)胞群在CON (藍(lán)色) 和CVB3 (紅色) 的比例和絕對(duì)數(shù)量。成纖維細(xì)胞和中性粒細(xì)胞占比比較多戈稿，其他細(xì)胞數(shù)量很少西土。作者隨后著重分析了髓系細(xì)胞，T細(xì)胞和成纖維細(xì)胞（沒有選中性粒是說比例沒有變化鞍盗，也可能是分析了沒意義跳昼。沒有選其他細(xì)胞是因?yàn)樯伲?/p>
2. Transcriptome analysis of myeloid cells led to the detection of predominantly monocytes and macrophages with pathways involved in immune metabolism and inflammation
作者隨后對(duì)髓系細(xì)胞做了重新聚類，得到5個(gè)亞群(Fig 2A)援所，而且這些群在CON和CVB3中存在比例差異(Fig 2B)庐舟。根據(jù)marker基因的表達(dá)(Fig 2C)，作者鑒定出5個(gè)群(Fig 2D)住拭，包括單核 (cluster 0,3,4)，巨噬 (cluster 1)滔岳，cDC1杠娱，moDC和Mt-High (cluster 5) 群∑酌海【這個(gè)注釋很奇怪哦摊求，怎么能把cluster 2注釋成cDC1和moDC兩個(gè)群又說這倆群轉(zhuǎn)錄水平?jīng)]差異呢刘离？】用Slingshot做了分化軌跡室叉，發(fā)現(xiàn)其他細(xì)胞群都從monocyte分化而來硫惕。對(duì)這個(gè)軌跡貢獻(xiàn)最大的是Msrb1茧痕，一個(gè)抗炎硒蛋白。Fig 2E看了一下6個(gè)cluster的細(xì)胞周期【沒意義的湊圖】踪旷。隨后作者做了3個(gè)單核細(xì)胞群和1個(gè)巨噬細(xì)胞群的差異基因火山圖(Fig 2F)，畫法見單細(xì)胞亞群差異基因火山圖豁辉，根據(jù)差異基因強(qiáng)行解釋了一下細(xì)胞功能令野。差異基因都不多【差異基因特別少的時(shí)候可以畫這個(gè)??】。Fig 2G是用qPCR驗(yàn)證了前面一些升高的基因徽级，顯示和測(cè)序結(jié)果一致。還做了一些富集分析餐抢，結(jié)果放在supplement里现使。
這張圖的主要結(jié)論是幾群?jiǎn)魏司奘杉?xì)胞都出現(xiàn)了M2巨噬marker的高表達(dá)，提示心肌炎的小鼠d21時(shí)候的單核巨噬主要起到抑炎作用弹澎。而且不同細(xì)胞群的上調(diào)基因都看到了Ccl24朴下，提示它可能對(duì)心肌炎小鼠心臟巨噬細(xì)胞M2型的功能起到了作用苦蒿。（強(qiáng)行找落點(diǎn)）
3. Th17 cells form a dominant fraction of T cells in myocarditic mice
對(duì)T細(xì)胞群進(jìn)行了重新聚類得到9個(gè)亞群殴胧，并查看了一下比例變化和marker gene(Fig 3A-D)。Fig 3E-F看了一下各群的差異基因火山圖团滥。隨后作者使用Slingshot做了軌跡分析竿屹，所有的T細(xì)胞看起來都是CD4+naive 群起源(Fig 3G)。CD4和CD8T細(xì)胞的富集分析看了一下兩類細(xì)胞的功能(Fig 3H)拱燃，qPCR驗(yàn)證了一些marker基因(Fig 3I)。
4. Fibroblasts in myocarditic mice contained various subtypes with unique transcriptome signatures that can influence the functionalities of immune cells
對(duì)成纖維進(jìn)行亞群細(xì)分力惯，和前面套路一樣碗誉，分群--差異基因火山圖--富集分析條圖--擬時(shí)序--qPCR驗(yàn)證
5. NK cells, ILC2, and ILC3 cells formed a major component of ILCs, but their numbers were low in myocarditic mice
一樣的亞群細(xì)分--差異分析--富集分析
6. Neutrophils infiltrating the myocarditic hearts predominantly modulate inflammatory responses
中性粒細(xì)胞的亞群細(xì)分--差異分析--富集分析
7. Ligand-receptor analysis revealed diverse intercellular communications during myocarditis
細(xì)胞亞群都看完了父晶，做了一個(gè)細(xì)胞互作哮缺，是CellChat做的，所有的圖都是常規(guī)圖尝苇。
8. TFs enriched in myocarditis modulate cardiac remodeling functions of target genes
最后做了個(gè)SCENIC
實(shí)屬單細(xì)胞灌水文章，兩個(gè)樣品發(fā)五分埠胖，不錯(cuò)了糠溜。
