只要開始學(xué)習(xí)，就會出現(xiàn)疑問扒袖。即便一個作者認(rèn)為自己講的多么具體塞茅，但是由于“知識的詛咒”存在，必然有一些點是他認(rèn)為理所當(dāng)然季率，但是讀者/聽眾卻從未聽過的現(xiàn)象野瘦。譬如，之前在生信媛舉辦的一期互課活動中（互課：你的知識就是你的入場券）飒泻，當(dāng)時的主題是ATAC-seq數(shù)據(jù)分析鞭光，一些做遺傳學(xué)的小伙伴就不知道什么叫做染色體開放區(qū)。
當(dāng)我們遇到問題的時候泞遗，我們就會尋求解答惰许。如果是學(xué)生時代，我們一般會選擇向老師發(fā)問史辙。如果有一個學(xué)霸是你隔壁汹买，那你就會找他提問。現(xiàn)在搜索引擎極度發(fā)達(dá)聊倔，我們會選擇上網(wǎng)檢索晦毙，比如去知乎上提問，“有一個漂亮的女朋友是什么樣的體驗耙蔑？”见妒，“長得帥是一種什么樣的體驗？”甸陌。
這貌似提問是一件非常簡單的小事须揣，好像誰都會，但是其實結(jié)果千差萬別邀层。我經(jīng)常在各種群里面見到的一種提問形式是返敬，有人做XX嗎？有一個問題想問下寥院？
看到這種問題劲赠，我內(nèi)心的想法其實是“沒有，滾”。這種問題仿佛是凛澎，多年沒有聯(lián)系的小學(xué)同學(xué)霹肝，突然有一天問你“在嗎？”塑煎，你小心翼翼的點開他的朋友圈沫换，發(fā)現(xiàn)半年前他領(lǐng)證了，經(jīng)過強(qiáng)大的邏輯推理最铁，你猜測他要辦喜酒了讯赏，所以不要回復(fù)，不要回復(fù)冷尉，不要回復(fù)漱挎，你只要不回復(fù)他就不知道你在不在。
你永遠(yuǎn)不知道你回復(fù)“是”之后是什么結(jié)果雀哨。無厘頭一點磕谅，如果有人問，“群里的大神雾棺，誰會折紙飛機(jī)嗎膊夹？”，你回答“我會呀”捌浩，然后他接著一句放刨，“我最近想造一架飛機(jī)，你能幫我嗎嘉栓？”宏榕。你是不是有一種想把那個提問者打爆的沖動。
除了上面“有人會做XX侵佃，我有一個問題想問下”體以外麻昼，我還見過直接丟出截圖體，直接復(fù)制報錯信息自己以為有用****的一行體馋辈，從我的經(jīng)驗看抚芦，這些問題的解決概率，就和你在路邊拿個碗別人往你碗里丟錢的概率一樣的迈螟，依賴于別人是否有心情搭理你叉抡。我也建議，看到這類提問答毫，大家都不要回答褥民，直到這些人學(xué)會了恰當(dāng)?shù)奶釂柗绞健?/p>
那你可能會問了，什么是恰當(dāng)?shù)奶釂柗绞侥叵绰В颗袛嘁粋€提問是否恰當(dāng)?shù)囊粋€金標(biāo)準(zhǔn)就是消返，你是否在這個問題上花了足夠多時間载弄，讓回答者看到你的誠意。以此延伸出的具體細(xì)節(jié)可以參考
提問的智慧: https://github.com/ryanhanwu/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/master/README-zh_CN.md
其中有三條非常重要：
只要是搜索引擎能回答的就別問別人撵颊。比如說你問別人如何將SAM文件轉(zhuǎn)成BAM格式宇攻。這個問題你用SAM和BAM作為關(guān)鍵字出來一堆回答好嗎？
你要知道自己提問的目的是什么倡勇？你會不會在作弊傳遞字條的時候逞刷，在字條寫“在嗎？”妻熊， 你肯定是要問夸浅，第1題第2問答案是什么吧！搞清楚自己的問題是什么扔役，把問題問的清楚點题篷，節(jié)約雙方的時間。
要方便別人回答厅目。所有人的時間都是有價值的，我不希望自己在解決別人的問題時候法严，還要推測出提問的人意圖损敷。你忘了你中學(xué)時被出題人的意圖支配的恐懼了嗎？
作為一個經(jīng)常寫點分析的教程的人深啤，我也每天遇到問題拗馒，大部分問題我都通過百度、bing和谷歌解決了溯街。還有一些問題诱桂，我暫時搞不定，我思索了半天呈昔，依舊有一些困惑挥等，我會選擇發(fā)郵件問下作者。舉一個最近的一個案例吧堤尾，
我在摸索別人一句話帶過的peak注釋步驟時肝劲，有一步我存在疑惑，“terminal region as -1,000 to +1,000 bp from the poly(A) site”郭宝，我一直以來都用的是ChIPseeker和HOMER對peak進(jìn)行注釋辞槐，結(jié)果里沒有出現(xiàn)的terminal region。為了避免我自己對GTF注釋文件的不熟悉粘室，我還特意去對GTF的第三列做了一下分析, 發(fā)現(xiàn)沒有Poly(A) site的定義榄檬。雖然這里面也沒有TSS，但是我們知道第一個外顯子的位置就是TSS衔统。帶著疑問鹿榜，我就發(fā)了一份郵件給對方海雪。
由于他不是通訊作者，我并沒有直接發(fā)郵件給通訊作者要他的聯(lián)系方式犬缨，而是用通過各種途徑去搜索（先找到了他的谷歌學(xué)術(shù)頁面喳魏，發(fā)現(xiàn)他是通過學(xué)校郵箱驗證的，于是用學(xué)校加他的中文拼音怀薛，最后找到了郵件地址）刺彩，這就是能自己搜到的就別麻煩別人了。
作者特地給我找了一張圖枝恋，用于解釋我的疑問创倔，這張圖瞬間就解決了我的問題，也就是一般上定義轉(zhuǎn)錄本的結(jié)尾為poly(A) sites.
我在自己薄弱的地方盡可能做了一些調(diào)查焚碌，在提問中做出了思考畦攘，并且將關(guān)鍵字粗體標(biāo)明方便回答者找到，最后我也得到了我想要的答案十电。
其實除了這個問題外知押，我還有很多問題是原本要問但是沒有問的。比如作者的peak calling這部分分析鹃骂，我剛開始的時候得到peak size的中位數(shù)比他的大了200bp以上台盯，和他原文的結(jié)論有出入。我本來是想發(fā)郵件問作者具體的腳本是什么畏线？但是那個時候的我只跑了一種參數(shù)静盅，其實還有很多可能性我沒有運(yùn)行，這就說明我還沒有做足功課寝殴。于是我就繼續(xù)嘗試了多種策略蒿叠，最后發(fā)現(xiàn)需要鏈特異性的peak calling需要在MACS2上加上一個—nomodel才行。
綜上蚣常，讓自己覺得問心無愧的提問才是一個合格的提問市咽。
