IonTorrent基因分析儀組件：
IonTorrent與Illumina原理的主要區(qū)別：
Illumina：熒光信號
Ion Torrent：電信號
IonTorrent 核心理念：
核心理念：芯片就是測序儀
特點：擴展性导而、簡捷卿捎、快速
半導(dǎo)體測序技術(shù)：
IonTorrent生物化學(xué)原理：
IonTorrent如何快速、直接檢測：
Ion系列測序平臺適用的chips及數(shù)據(jù)產(chǎn)出情況匯總：
PGM Chip：
314 Chip：1.2M Wells
316 Chip：6.1M Wells
318 Chip：11M Wells
Ion torrent測序過程：
Follow 和Cycle的含義：
一個“Follow”：將一個特定的dNTP(T, A, C, or G)打入芯片摇幻，隨后進行洗脫阴挣；
一個“Cycle”：是由4個dNTP組成，例如：A-T-C-G= 1 Cycle。
測序時“Follow”的順序是怎樣的榕酒？
“Flow”的順序是以下dNTP順序的重復(fù)（參數(shù)可調(diào)）：
“TACG-TACG-TCTG-AGCA-TCGA-TCGA-TGTA-CAGC”
IonTorrent 測序記錄“Ionograms”：
An “ionogram”代表信號的輸出
必須“從上到下”和“從左向右”讀
柱的高度代表在一個“Flow”中有幾個核酸結(jié)合上去
“Negative ” 或 “zero” flows 代表沒有核酸結(jié)合上去
IonTorrent實驗流程匯總：
IonTorrent特點：
1.擴展性?:靈活高效的Ion Torrent
2.簡捷：簡單而又真實的生物化學(xué)原理
3.快速：最快速的操作流程
IonTorrent應(yīng)用與產(chǎn)品化：
提供快速鑒別與篩查食源性致病菌的整套工具
微生物全基因組測序— de novo 測序和重測序涩堤；
宏基因組測序（16S/18S…）—一項有效的工具眷蜓；
RNA病毒測序：
1.純化的RNA病毒分型
–病毒RNA抽提
–長PCR擴增子
–短PCR擴增子(利用AmpliSeq技術(shù))
–TargetSeq捕獲
2.未知的RNA病毒 denovo分析
–病毒RNA抽提
–反向富集，去除rRNA專有引物設(shè)計胎围，去除宿主rRNA
Ion Total RNA-SeqKit (48 reactions)
?構(gòu)建全外顯子或Small RNA文庫吁系；
?維持原始單鏈并減少偏向性和錯誤；
?低起始量建庫：總RNA 200ng或5ngmiRNA白魂。
目標(biāo)區(qū)域：
1.擴增子測序
基于PCR目標(biāo)序列的深度測序汽纤，用于檢測變異}擴增子的長度是可變的，
Ion Xpress? 文庫制備試劑盒與現(xiàn)有的Sanger測序法的引物完全兼容
利用barcoding試劑盒（條碼試劑盒）福荸，可以實現(xiàn)多種樣品的擴增子同時測序
檢測生殖細(xì)胞和體細(xì)胞的突變
2.捕獲目標(biāo)序列 (目標(biāo)序列>100kb)
通過雜交法或大量并行的PCR冒版，實現(xiàn)目標(biāo)序列的富集
?TargetSeq?定制富集試劑盒，可根據(jù)客戶應(yīng)用需求實現(xiàn)特定序列的富集
?可與其他富集方法兼容
Ion DNA 條碼接頭（Barcode Adaptor ）1-96試劑盒
1.Ion半導(dǎo)體測序技術(shù)采用優(yōu)化的barcodes可以 一次進行多達(dá)96種文庫的同時測序逞姿。
2.支持多種文庫的目標(biāo)序列或全基因組的再測序辞嗡，可以降低成本，節(jié)省樣品滞造。
3. 最少的接頭序列和強大的校正功能確保樣品種類的確認(rèn)
4. 兼容自動化操作
微生物測序
準(zhǔn)確续室，快速的細(xì)菌和病毒的從頭測序和重測序
線粒體測序
多重線粒體測序用于科研，臨床和法醫(yī)等應(yīng)用
擴增子測序
?多重擴增子測序用于快速的檢測生殖細(xì)胞和體細(xì)胞的突變
?與毛細(xì)管電泳測序的引物完全兼容
?利用測序進行基因分型
?細(xì)菌和病毒的分型質(zhì)粒測序
大片段目標(biāo)序列（>100kb）的在測序
快速谒养，簡單的操作流程適用于所有的大片段目標(biāo)序列的富集方法
驗證全基因組和顯子組的突變
正交技術(shù)驗證SOLiD?System/Illumina的全基因組和外顯子組的測序結(jié)果
文庫評估
在進行高通量的測序之前挺狰，對構(gòu)建的文庫進行快速的復(fù)雜性驗證或QC質(zhì)控
RNA測序
快速，簡單的RNA測序解決方案（最初主要針對于小RNA&低復(fù)雜度的轉(zhuǎn)錄組）
IonTorrent數(shù)據(jù)處理：
Ion Torrent下機數(shù)據(jù)格式（SFF买窟、BAM丰泊、Fastq）
默認(rèn)下機文件類型為：BAM；
通過插件FastqCreator可下機直接生成：Fastq瞳购；
原始下機數(shù)據(jù)路徑：
Fastq格式文件：/results/analysis/output/Home/（ReportName）/plugin_out/FileExporter_out.*
BAM格式文件：/results/analysis/output/Home/（ReportName）
IonTorrent測序質(zhì)控：
Positive-controlKit，上機制備模板時加入亏推；
可自行設(shè)置学赛，占據(jù)上樣量；
IonTorrent上機情況反饋
機器運行及分析的日志文件壓縮包（Support文件）吞杭。
