繪制染色體區(qū)塊圖

目前繪制染色體的函數(shù)很少亦或者說繪制得很難看钥顽，因此有必要自己設計一個繪圖腳本坟冲。繪圖函數(shù)設計可以從頭使用svg包來繪制，也可以使用一些現(xiàn)有包進行繪制邪蛔，這里我選擇的時使用html和css通過瀏覽器進行渲染急黎。

結果如下：

輸出html截圖

python腳本如下：

#!/usr/bin/env python3
# -*- encoding: utf-8 -*-
#########################################################################
# Author: bqxiao
# File: draw_block.py
# Created time: 2024/12/23 17:03:00
# E-mail: xiao.benqi@qq.com
#########################################################################
# Usage: python draw_block.py -i input.txt -o output.html

import argparse
import re
import webcolors
import seaborn as sns


description=r"""
本腳本用于繪制染色體核型

輸入文件格式{chro}\t{group}\t{start}\t{end}\t{color}\t{annotation}:
1   group1  1   1963    #ffa500 A
1   group1  1964    3592    #ffa500 B
1   group1  3595    4681    #ffa500 C
1   group1  4684    5392    #ffff00 D
1   group1  5417    7075    #ffff00 E
2   group1  5   303 #0000ff K
2   group1  304 503 #008000 G
2   group1  594 1340    #008000 H
2   group1  1351    2287    #00ffff I
"""
parser=argparse.ArgumentParser(description=description,formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
# 輸入和輸出文件參數(shù)
parser.add_argument("-i", "--input", type=str, required=True, help="輸入文件路徑")
parser.add_argument("-o", "--output", type=str, required=True, help="輸出文件路徑")

# 是否展示染色體名稱和分組名稱的選項
parser.add_argument("--chromosome_name", "-c", action="store_true", default=True, help="是否展示染色體名稱 (默認是展示)")
parser.add_argument("--group_name", "-g", action="store_true", default=False, help="是否展示分組名稱 (默認是隱藏)")

# CSS 樣式設置
parser.add_argument("--block_width", type=int, default=30, help="區(qū)塊寬度 (默認30)")
parser.add_argument("--block_font_size", type=int, default=16, help="區(qū)塊字體大小 (默認16)")
parser.add_argument("--block_font_color", type=str, default="#000000", help="區(qū)塊字體顏色 (默認黑色)")
parser.add_argument("--max_height", type=int, default=500, help="染色體最大高度 (默認500)")
parser.add_argument("--layout_width", type=int, default=50, help="布局寬度 (默認50)")
parser.add_argument("--layout_height", type=int, default=80, help="布局高度 (默認80)")
parser.add_argument("--layout_gap", type=int, default=30, help="每一組之間的間距 (默認30)")
parser.add_argument("--chromosome_gap", type=int, default=5, help="染色體之間的間距 (默認5)")
parser.add_argument("--title", type=str, default="Chromosome Karyotype", help="HTML頁面標題 (默認'Chromosome Karyotype')")
parser.add_argument("--chromosome_name_font_size", type=int, default=30, help="染色體名稱字體大小 (默認30)")
parser.add_argument("--chromosome_name_font_color", type=str, default="#000000", help="染色體名稱字體顏色 (默認黑色)")
parser.add_argument("--group_name_font_size", type=int, default=20, help="group名稱字體大小 (默認20)")
parser.add_argument("--group_name_font_color", type=str, default="#000000", help="group名稱字體顏色 (默認黑色)")
parser.add_argument("--block_border_size", type=int, default=0, help="區(qū)塊邊界大小 (默認0)")
parser.add_argument("--block_border_color", type=str, default="#333", help="區(qū)塊邊界顏色 (默認'#333')")

# 解析命令行參數(shù)
args = parser.parse_args()

# 將解析結果映射到樣式設置中
BLOCK_WIDTH = args.block_width
BLOCK_FONT_SIZE = args.block_font_size
BLOCK_FONT_COLOR = args.block_font_color
MAX_HEIGHT = args.max_height
LAYOUT_WIDTH = args.layout_width
LAYOUT_HEIGHT = args.layout_height
LAYOUT_GAP = args.layout_gap
CHROMOSOME_GAP = args.chromosome_gap
TITLE = args.title
CHROMOSOME_NAME_FONT_SIZE = args.chromosome_name_font_size
CHROMOSOME_NAME_FONT_COLOR = args.chromosome_name_font_color
GROUP_NAME_FONT_SIZE = args.group_name_font_size
GROUP_NAME_FONT_COLOR = args.group_name_font_color
BLOCK_BORDER_SIZE = args.block_border_size
BLOCK_BORDER_COLOR = args.block_border_color

# 是否展示染色體名稱和分組名稱
SHOW_CHROMOSOME_NAME = args.chromosome_name
SHOW_GROUP_NAME = args.group_name



class Info:
    def __init__(self,chro:str,group:str,start:int,end:int,color:str,annotation:str):
        self.chro=chro
        self.group=group
        self.start=start
        self.end=end
        self.color=color
        self.annotation=annotation

    def __repr__(self):
        return f"{{{self.chro},{self.group},{self.start},{self.end},{self.color},{self.annotation}}}"

    def __str__(self):
        return f"{{{self.chro},{self.group},{self.start},{self.end},{self.color},{self.annotation}}}"


def is_valid_color(color_str):
    # 1. 判斷是否為十六進制顏色代碼
    hex_pattern = r"^#(?:[0-9a-fA-F]{3}){1,2}$"
    if re.match(hex_pattern, color_str):
        return True
    
    # 2. 判斷是否為 RGB 或 RGBA 格式
    rgb_pattern = r"^rgba?\(\s*(\d{1,3}|[0-2]?\d{1,2}|25[0-5])\s*,\s*(\d{1,3}|[0-2]?\d{1,2}|25[0-5])\s*,\s*(\d{1,3}|[0-2]?\d{1,2}|25[0-5])\s*(,\s*(0|1|0?\.\d+))?\)$"
    if re.match(rgb_pattern, color_str):
        return True
    
    # 3. 判斷是否為顏色名稱（CSS標準顏色名稱）
    try:
        webcolors.name_to_rgb(color_str)
        return True
    except ValueError:
        return False


def read_info(infile:str):
    infoDIct={}
    lineindex=0
    infoToindex={}
    for i in open(infile).readlines():
        lineindex+=1
        i=i.strip("\n")
        if not i :
            continue
        line=i.split("\t")
        try:
            chro=line[0]
            group=line[1]
            start=int(line[2])
            end=int(line[3])
            color=line[4]
            annotation=line[5]
        except:
            continue

        if start > end:
            start,end=end,start
        infoToindex[str(Info(chro,group,start,end,color,annotation))]=lineindex

        if chro not in infoDIct:
            infoDIct[chro]={group:[Info(chro,group,start,end,color,annotation)]}
        else:
            if group not in infoDIct[chro]:
                infoDIct[chro][group]=[Info(chro,group,start,end,color,annotation)]
            else:
                infoDIct[chro][group].append(Info(chro,group,start,end,color,annotation))
    
    flag_bug=False
    for chro in infoDIct:
        for group in infoDIct[chro]:
            infoDIct[chro][group].sort(key=lambda x:x.start)
            lastinfo=infoDIct[chro][group][0]
            for i in infoDIct[chro][group][1:]:
                if i.start<lastinfo.end:
                    print(lastinfo,i)
                    flag_bug=True
                    print(f'區(qū)塊有重疊: File "{infile}", line {infoToindex[str(lastinfo)]}, in input file.\n File "{infile}", line {infoToindex[str(i)]}, in input file.')
                    print(f"重疊大小{i.start}-{lastinfo.end} : {i.start-lastinfo.end}")
                    print()
                lastinfo=i
    if flag_bug:
        exit(1)
    return infoDIct

FileContent=read_info(args.input)

# 獲取顏色方案
# 先判斷是否都是顏色
# 如果都是顏色，則什么都不需要做侧到，否則使用生成的配色方案
# 先獲取顏色個數(shù)
color_num=0
flag=True
for chro,group_info in FileContent.items():
    for group,info in group_info.items():
        for block in info:
            if not is_valid_color(block.color):
                flag=False
                break
if flag: # 如果都是顏色
    pass
else:
    NotValidcolorSet=set()
    for chro,group_info in FileContent.items():
        for group,info in group_info.items():
            for block in info:
                if not is_valid_color(block.color):
                    NotValidcolorSet.add(block.color)
    colorList=list(NotValidcolorSet)
    color_num=len(colorList)
    color_scheme=sns.color_palette("Set2", color_num)
    
    # 將 Seaborn 配色方案從 [0, 1] 轉換為 [0, 255]勃教，然后轉換成 hex
    color_scheme_hex = [webcolors.rgb_to_hex(tuple(int(c * 255) for c in color)) for color in color_scheme]

    # 分配顏色
    oldColorToNewColor={oldColor:newColor for oldColor,newColor in zip(colorList,color_scheme_hex)}

    # 替換顏色
    for chro,group_info in FileContent.items():
        for group,info in group_info.items():
            for block in info:
                if not is_valid_color(block.color):
                    block.color=oldColorToNewColor[block.color]

    

#找到染色體最大高度
max_height=0
for chro,group_info in FileContent.items():
    for group,info in group_info.items():
        for i in info:
            if i.end>max_height:
                max_height=i.end
rate=MAX_HEIGHT/max_height


all_CSS_List=[]
# 染色體之間布局
all_CSS_List.append(f".CHROMOSOME-LAYOUT {{display: flex;justify-content: space-between;align-items: flex-end;width: {LAYOUT_WIDTH}%;height: {LAYOUT_HEIGHT}vh;margin: 0 auto;gap: {LAYOUT_GAP}px;}}")

# 染色體名稱字體樣式
all_CSS_List.append(f".CHROMOSOME-NAME-FONT {{font-family: 'Times New Roman', Times, serif;font-size: {CHROMOSOME_NAME_FONT_SIZE}px;font-weight: bold;color: {CHROMOSOME_NAME_FONT_COLOR};}}")
# 染色體內(nèi)部區(qū)塊布局
all_CSS_List.append(f".CHROMOSOME {{display: flex;flex-direction: column;align-items: center;}}")
# 區(qū)塊樣式
all_CSS_List.append(f".BLOCK {{border: {BLOCK_BORDER_SIZE}px solid {BLOCK_BORDER_COLOR};width: {BLOCK_WIDTH}px;border-radius: {BLOCK_WIDTH / 2}px;text-align: center;font-size: {BLOCK_FONT_SIZE}px;font-weight: bold;color: {BLOCK_FONT_COLOR};font-family: 'Times New Roman', Times, serif;}}")
# 染色體組樣式
all_CSS_List.append(f".GROUPS {{display: flex;justify-content: space-between;align-items: flex-end;gap:{CHROMOSOME_GAP}px;}}")
# 染色體組名稱樣式
all_CSS_List.append(f".GROUP-NAME{{font-family: 'Times New Roman', Times, serif;font-size: {GROUP_NAME_FONT_SIZE}px;font-weight: bold;color: {GROUP_NAME_FONT_COLOR};}}")
# 染色體名稱樣式
all_CSS_List.append(f".CHROMOSOME-NAME{{font-family: 'Times New Roman', Times, serif;font-size: {CHROMOSOME_NAME_FONT_SIZE}px;font-weight: bold;color: {CHROMOSOME_NAME_FONT_COLOR};}}")
all_CSS_List.append(f".GROUPS-CHROMOSOME-NAME{{display: flex;flex-direction: column;align-items: center;}}")

all_div_List=[f"<div class='CHROMOSOME-LAYOUT'>"]

block_index=0
for chro,group_info in FileContent.items():

    groupList=[f"<div class='GROUPS'>"]
    for group,info in group_info.items():
        divList=[f"<div class='CHROMOSOME'>"] # 染色體組 內(nèi)其中一個組中
        
        block_index+=1
        lastblock=info[0]
        divList.append(f'<div class="BLOCK" id="block{block_index}" style="height: {(lastblock.end-lastblock.start+1)*rate}px;background-color:{lastblock.color};line-height: {(lastblock.end-lastblock.start+1)*rate}px;">{lastblock.annotation}</div>')
        #all_CSS_List.append(f"#block{block_index}{{}}")

        for thisblock in info[1:]:
            block_index+=1
            gap=thisblock.start-lastblock.end-1 # 2個區(qū)塊之間的間隙：99和100之間的間隙大小為100-99-1 -> 0 ,沒有間隙
            divList.append(f'<div class="BLOCK" id="block{block_index}" style="height: {(thisblock.end-thisblock.start+1)*rate}px;background-color:{thisblock.color};margin-bottom: {gap*rate}px;line-height: {(thisblock.end-thisblock.start+1)*rate}px;">{thisblock.annotation}</div>')
            #all_CSS_List.append(f"#block{block_index}{{}}")
            lastblock=thisblock
        divList[1:]=divList[1:][::-1]
        if SHOW_GROUP_NAME:
            divList.append(f'<div class="GROUP-NAME">{group}</div>')
        divList.append("</div>") # 對應 <div class='CHROMOSOME'>

        groupList.extend(divList)
    groupList.append("</div>") # 對應 <div class='GROUPS'>
    if SHOW_CHROMOSOME_NAME:

        groupList=["<div class='GROUPS-CHROMOSOME-NAME'>",*groupList,f'<div class="CHROMOSOME-NAME">{chro}</div>',"</div>"]

    all_div_List.extend(groupList)
all_div_List.append("</div>") # 對應 <div class='CHROMOSOME-LAYOUT'>


body_content="\n".join(all_div_List)

style_content="\n".join(all_CSS_List)

htmlContent=f"""
<!DOCTYPE html>
<html lang="zh-CN">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
    <title>{TITLE}</title>
    <style>
{style_content}
    </style>
</head>
<body>
{body_content}
</body>
</html>"""

with open(args.output, "w") as f:
    f.write(htmlContent)

用法如下：

# python draw_block.py -h 可以查看幫助手冊
python draw_block.py -i input.txt -o output.html -g

輸入文件如下：

Chr1    24GB    1   1963    #ffa500 A
Chr1    24GB    1964    3592    #ffa500 B
Chr1    24GB    3595    4681    #ffa500 C
Chr1    24GB    4684    5392    #ffff00 D
Chr1    24GB    5417    7075    #ffff00 E
Chr2    24GB    5   303 #0000FF K
Chr2    24GB    304 503 #008000 G
Chr2    24GB    594 1340    #008000 H
Chr2    24GB    1351    2287    #00ffff I
Chr2    24GB    2288    4244    #00ffff J
Chr3    24GB    1   2674    #008000 F
Chr3    24GB    2676    3203    #0000FF L
Chr3    24GB    3274    4018    #0000FF M
Chr3    24GB    4048    5436    #0000FF N
Chr4    24GB    3   566 #0000FF O
Chr4    24GB    586 1094    #0000FF P
Chr4    24GB    1096    1524    #4b0082 T
Chr4    24GB    1527    4127    #4b0082 U
Chr5    24GB    4   2173    #0000FF R
Chr5    24GB    2174    2778    #0000FF Q
Chr5    24GB    2783    3533    #4b0082 S
Chr5    24GB    3534    4175    #FF7F7F V
Chr5    24GB    4176    5580    #FF7F7F W
Chr5    24GB    5581    6318    #FF7F7F X
Chr1    LF  1   222 LF  B3
Chr1    LF  224 754 LF  B6
Chr1    LF  756 1165    LF  B4
Chr1    LF  1168    1192    LF  B6
Chr1    LF  1208    1330    LF  B4
Chr1    LF  1334    1722    LF  B6
Chr1    LF  1723    3393    LF  B4
Chr1    LF  3617    4674    LF  B4
Chr1    LF  4686    5101    LF  B7
Chr1    LF  5248    5392    LF  B4
Chr1    LF  5420    6872    LF  B3
Chr1    LF  6873    7074    LF  B6
Chr1    MF1 7   1492    MF1 B2
Chr1    MF1 1492    3513    MF1 B3
Chr1    MF1 3956    4484    MF1 B6
Chr1    MF1 4504    4555    MF1 B4
Chr1    MF1 4654    5392    MF1 B4
Chr1    MF1 5414    7072    MF1 B5
Chr1    MF2 136 2190    MF2 B3
Chr1    MF2 2195    3014    MF2 B3
Chr1    MF2 3022    3132    MF2 B7
Chr1    MF2 3160    3201    MF2 B7
Chr1    MF2 3661    4484    MF2 B7
Chr1    MF2 4499    4555    MF2 B7
Chr1    MF2 4558    4674    MF2 B7
Chr1    MF2 4692    5268    MF2 B2
Chr1    MF2 5660    6377    MF2 B3
Chr1    MF2 6385    7074    MF2 B6
Chr2    LF  5   303 LF  B2
Chr2    LF  315 483 LF  B2
Chr2    LF  654 1836    LF  B2
Chr2    LF  1944    2749    LF  B6
Chr2    LF  2751    4028    LF  B6
Chr2    MF1 5   303 MF1 B4
Chr2    MF1 846 1337    MF1 B3
Chr2    MF1 1368    4243    MF1 B1
Chr2    MF2 5   303 MF2 B4
Chr2    MF2 746 1347    MF2 B4
Chr2    MF2 1348    2285    MF2 B8
Chr2    MF2 2289    4224    MF2 B8
Chr3    LF  8   2651    LF  B1
Chr3    LF  2676    3203    LF  B2
Chr3    LF  3331    5429    LF  B8
Chr3    MF1 6   2574    MF1 B7
Chr3    MF1 2677    3202    MF1 B4
Chr3    MF1 3841    4096    MF1 B5
Chr3    MF1 4109    4205    MF1 B5
Chr3    MF1 4206    5436    MF1 B6
Chr3    MF2 1   587 MF2 B7
Chr3    MF2 591 799 MF2 B3
Chr3    MF2 808 889 MF2 B7
Chr3    MF2 889 978 MF2 B3
Chr3    MF2 990 2369    MF2 B7
Chr3    MF2 2369    2614    MF2 B3
Chr3    MF2 2616    2674    MF2 B2
Chr3    MF2 2677    2755    MF2 B4
Chr3    MF2 2777    3133    MF2 B7
Chr3    MF2 3305    3873    MF2 B6
Chr3    MF2 3873    3965    MF2 B6
Chr3    MF2 3968    4276    MF2 B2
Chr3    MF2 4281    5429    MF2 B6
Chr4    LF  3   421 LF  B8
Chr4    LF  784 1091    LF  B8
Chr4    LF  1264    1296    LF  B3
Chr4    LF  1316    4123    LF  B5
Chr4    MF1 105 153 MF1 B5
Chr4    MF1 249 502 MF1 B5
Chr4    MF1 815 1091    MF1 B5
Chr4    MF1 1213    1313    MF1 B6
Chr4    MF1 1355    1406    MF1 B6
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