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圖表
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#1. 熱圖
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上調(diào)基因和下調(diào)基因是針對處理組而言役首。
下調(diào)基因-處理組比對照組表達量低的基因
2.散點圖和箱線圖
散點圖和箱線圖
散點圖——強調(diào)個體之間的關(guān)系
箱線圖——強化組與組之間的關(guān)系
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理解箱線圖的離群值
箱線圖越短說明數(shù)據(jù)越集中
越長說明數(shù)據(jù)越離散
箱線圖和點圖適用于差異基因少的情況下使用施绎。
3.火山圖
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FC和logFC
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logFC是以2為底數(shù)辩棒，
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logFC一般取1，1.2羡玛，1.5别智，1.75
4.主成分分析
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點點代表樣本，
點和點的距離代表兩個樣本的差異大小
大的點代表分組在坐標(biāo)系中的中心位置稼稿，不代表樣本
坐標(biāo)系中dim和括號中的數(shù)據(jù)沒有意義薄榛，不代表啥
典型PCA
左上圖：組間差別大于組內(nèi)差別讳窟。（為什么？）
左下圖：
右側(cè)圖：組間差別小于組內(nèi)差別
生信技能樹公眾號上“一文看懂主成分分析”
還是有點懵~~~~~~~
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GEO背景知識+表達芯片分析思路
1.表達數(shù)據(jù)的實驗設(shè)計
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2.數(shù)據(jù)庫介紹
GEO
GEO組織層次
GSM/GSE/GPL
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基因表達芯片
探針是一組短的核苷酸序列敞恋，能與目的基因的一段序列雜交丽啡。
3.表達矩陣
表達矩陣的行名就是探針I(yè)D
列名是樣本編號
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要做的工作時把探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為Gene Symbol
把GSM樣本分組
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3.差異分析
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探針注釋
自主注釋
差異分析的可視化
差異分析的可視化就是火山圖和熱圖
數(shù)據(jù)挖掘的本質(zhì)就是縮小基因的范圍~Jimmy
誰能從你邋遢的外表看到你美麗的內(nèi)心呢？~花花
有本書叫《JYXPXXX》硬猫，經(jīng)我堅定沒啥用补箍。
數(shù)量太少，你引用個毛線球啸蜜？
