寫在前面
以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記
1.TAD
2.TAD分析流程
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2.1 Cworld-dekker軟件的安裝
git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
#Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
perl Build.PL
./Build
./Build install --install_base /your/custom/dir
(ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
#e.g.
./Build install --install_base ~/perl5
# then in .bashrc
export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/<yourusername>/perl5/lib/perl5
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2.2 分析所用數(shù)據(jù)
互作圖譜分染色體matrix數(shù)據(jù)(單染色的矩陣)，如何獲得請(qǐng)看：生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對(duì)及HiC-Pro的使用
matrix數(shù)據(jù)
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2.3 為矩陣添加header
header文件需要自己準(zhǔn)備捆毫，操作采用cworld的addMatrixHeaders為矩陣文件添加header
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr2 \
--yhf data/headerychr2
-I：添加cworld的庫(kù)晒衩，連接到cworld軟件所在目錄即可
-i：matrix 文件
--xhf：橫坐標(biāo)表頭
--yhf：縱坐標(biāo)表頭
自制Header文件寄猩，橫縱坐標(biāo)可以相同晃洒，和上一次的不同就是绪穆，分辨率更小了（10kb）林说，形如：
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2.4 TAD邊界鑒定
#export PATH=/local_data1/train/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/local_data1/train/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2insulation.pl \
--is 100000 --ids 40000 \
-i example.addedHeaders.matrix.gz
-I：cworld-dekker的庫(kù)
--is：方框的大小恕出，最好是矩陣分辨率的整倍數(shù)（如50kb），好計(jì)算
--ids：window size of insulationd delta，矩陣分辨率的整倍數(shù)（如20kb）饲化，好計(jì)算
-i：input matrix file莽鸭，必須是單染色的矩陣，防止劃框移動(dòng)到其他染色體上
- 結(jié)果文件以boundaries結(jié)尾
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2.5 結(jié)果整理
perl boundaries2bed.pl \
example.addedHeaders--is100000--nt0--ids40000--ss0--immean.insulation.boundaries \
17718942 chr6 > example.tad.bed
TAD的范圍
perl腳本
