無(wú)意中發(fā)現(xiàn)一篇生信文章，分?jǐn)?shù)不高笨腥，思路值得借鑒拓哺。
大佬說(shuō)：復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言最好的辦法。
其實(shí)這句話脖母，在生信文章套路中同樣適用的拓售，即：
復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)生信套路最快的捷徑！
結(jié)果
1.差異基因篩選
作者從pubmed2ensembl(http://pubmed2ensembl.ls.manchester.ac.uk)挖掘與Atherosclerosis相關(guān)的基因镶奉，同時(shí)用GSE28829進(jìn)行差異分析，求出二者的交集部分崭放。
2.富集分析
對(duì)篩選出的基因常規(guī)用DAVID進(jìn)行GO和KEGG富集分析
3.蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
常規(guī)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建哨苛，并利用MCODE篩選出23個(gè)核心基因
4.藥物基因互作分析
根據(jù)DGIdb: http://www.dgidb.org，篩選上述23個(gè)基因潛在的藥物币砂，共發(fā)現(xiàn)存在8個(gè)藥物基因?qū)ㄇ汀Ｍ瑫r(shí)對(duì)8個(gè)基因進(jìn)行GO富集分析，發(fā)現(xiàn)其功能主要集中在炎癥反應(yīng)决摧、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等方面亿蒸。
總結(jié)
本文從動(dòng)脈粥樣硬化疾病入手凑兰，篩選差異基因，進(jìn)行富集分析边锁，潛在藥物分析姑食，故事相對(duì)完整，其實(shí)還可以加上Cibersort免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析茅坛；勝在非腫瘤角度音半。
推薦數(shù)據(jù)庫(kù)：
pubmed2ensembl : http://pubmed2ensembl.ls.manchester.ac.uk
DGIdb: http://www.dgidb.org
參考鏈接：
Drug discovery in cardiovascular disease identified by text mining and data analysis
