單細胞擬時分析:基因及通路隨擬時表達變化趨勢

之前給小伙伴做分析復(fù)現(xiàn)的時候,接觸到一篇Cell文章的擬時分析崇渗,參考文獻:Single-cell landscape of the ecosystem in early relapse hepatocellular carcinoma字逗。這篇文章呈現(xiàn)了不同分組的擬時基因表達趨勢、以及代謝通路的趨勢宅广。

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關(guān)于擬時分析葫掉,我們之前以及有詳細的描述了,參考: Monocle3(1):單細胞擬時分析---分析(詳細注釋版) Monocle3(2):單細胞擬時分析可視化---普通版 Monocle3:單細胞擬時分析---個性化分析思路及可視化 群成員專享:Monocle2更新(就是重新梳理一下)
一鍵跑完monocle2跟狱?
這里我們就直接使用做好擬時的monocle對象進行復(fù)現(xiàn)了:文章中做了代謝通路俭厚,其實不論是GO、KEGG驶臊,只要是感興趣的通路都可以呈現(xiàn)挪挤!****

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當(dāng)然了,本片內(nèi)容和我們號所有的帖子一樣资铡,不僅僅讓你復(fù)現(xiàn)做出擬時的這個分析內(nèi)容电禀,你還可以學(xué)習(xí)到其他的數(shù)據(jù)處理技巧和作圖方法幢码!
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