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群體遺傳分析內(nèi)容
群體遺傳學(xué)－分析內(nèi)容 A 遺傳多樣性 1 等位基因遺傳多樣性 2 多位點(diǎn)聯(lián)合基因型遺傳多樣性 B 群體結(jié)構(gòu)分析 1 群體差異分析（fst gst等） 2 amova 分子方差...
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群體結(jié)構(gòu)分析軟件Structure了解和使用一、簡(jiǎn)介 Structure 是一個(gè)利用遺傳標(biāo)記推斷群體遺傳結(jié)構(gòu)的軟件颓鲜。其功能包括推斷群體數(shù)目表窘，判斷某個(gè)個(gè)體屬于哪個(gè)群體，鑒別遷移個(gè)體及雜合體等甜滨。舉個(gè)例子 上圖中顏色的種類(lèi)即...
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計(jì)算bam文件中比對(duì)上基因組的reads以及合并多個(gè)bam文件
參考文章：1.如何統(tǒng)計(jì)BAM文件中的reads數(shù)2.Samtools常用命令的總結(jié) 當(dāng)你有很多個(gè)bam文件時(shí)乐严，想知道這些bam文件里有多少個(gè)比對(duì)上的reads，并且把它們輸出...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多衣摩，首先大家去收集一下昂验，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T(mén)，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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轉(zhuǎn)錄組分析2——比對(duì)基因組莎莎寫(xiě)于2020.5.1學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了艾扮，我還在賓館隔離我今天在這里立個(gè)Flag：每天都要寫(xiě)簡(jiǎn)書(shū)?哈哈哈既琴，可能不太現(xiàn)實(shí)，但是至少今天是新的一個(gè)月的開(kāi)始要好好學(xué)習(xí)...
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參考基因組及注釋下載
現(xiàn)有比對(duì)工具在做mapping之前泡嘴，都需要下載對(duì)應(yīng)物種的參考基因組做index甫恩，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情。 現(xiàn)有的參考基因組存儲(chǔ)網(wǎng)站三個(gè)： UCSC 的...
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bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比對(duì)bwa bowtie salmon 直接從fastq到達(dá)特異性表達(dá)矩陣 subread 備注：需要對(duì)應(yīng)建索引的軟件版本酌予，版本不同會(huì)報(bào)錯(cuò)磺箕！ hisat2 HISAT2建立索引時(shí)...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載广凸，索引下載阅茶，比對(duì)，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)谅海，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載脸哀，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads比對(duì)）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對(duì)和定量
最近疲于整文章，寫(xiě)本子扭吁，所以很久木有跟新啦撞蜂。今天終于可以整理一下先前的工作啦~~一、轉(zhuǎn)錄組定量轉(zhuǎn)錄組定量的軟件有太多了侥袜，網(wǎng)上一搜一大堆蝌诡。但是，原理原理大同小異枫吧，選一個(gè)你自己趁...
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ZT:lncrna分析流程
author:風(fēng)吹過(guò)的94data:2016-051.QC2.比對(duì)(tophat2) 3.組裝(cufflinks) 4.合并(cuffmerge) 5.差異表達(dá)分析(cuf...
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Stringtie的使用說(shuō)明
參考文獻(xiàn)：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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對(duì)trinity組裝得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行表達(dá)矩陣構(gòu)建前提已經(jīng)獲得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此浦旱，我們采用的是Trinity自帶的腳本進(jìn)行定量計(jì)...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第一節(jié)：Rawdata的質(zhì)量控制與清理在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拿到后，公司一般會(huì)給我們一個(gè)Rawdata和Cleandata 如果喜歡折騰的可以直接拿著Rawdata進(jìn)行一下數(shù)據(jù)清理后再進(jìn)行后期的數(shù)據(jù)分析 我們今天就對(duì)我們之...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要九杂，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率颁湖。Trimmomatic 是...
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控宣蠕、比對(duì)和過(guò)濾這部分內(nèi)容包括對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對(duì)過(guò)濾甥捺，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析抢蚀。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點(diǎn)是需要過(guò)濾去除線粒體（如果是植物，還需要過(guò)濾葉綠體）镰禾，...
