學(xué)習(xí)某些生物數(shù)據(jù)分析重要的R包時(shí)困乒，極有可能第一步安裝R包就被卡住。學(xué)習(xí)R的過(guò)程中也積累了很多R包安裝不上的解決方法幸乒，希望對(duì)大家有所幫助。這里以phyloseq包為例漠秋，嘗試多種...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算
R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)Alpha多樣性指數(shù)的計(jì)算 上次我們已經(jīng)使用R語(yǔ)言來(lái)對(duì)OTU表的抽平分析庆锦，那么我們?nèi)绾问褂贸槠胶蟮腛TU表來(lái)重新計(jì)算Alpha多樣性呢捅位？接下來(lái)我們就來(lái)學(xué)習(xí)一下。 不...
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基于R語(yǔ)言的微生物群落組成多樣性分析——物種豐度計(jì)算及可視化引言 ????在對(duì)樣本的微生物群落組成多樣性分析過(guò)程中焰雕，除了Alpha多樣性與Beta多樣性的分析，最重要的一個(gè)部分就是對(duì)樣本中微生物具體的群落結(jié)構(gòu)組成情況進(jìn)行分析誉帅。一般我們...
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研究生一枚蚜锨，主要研究方向?yàn)橹参飪?nèi)生菌及微生物相關(guān)內(nèi)容，公眾號(hào)【科研后花園】慢蜓，主要更新內(nèi)容：1）基于R的科研繪圖亚再；2）科研小技巧分享；3）繪圖技巧分享晨抡；4）科研網(wǎng)站分享氛悬。
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公眾號(hào) R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南如捅，歡迎大家關(guān)注
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微生物多樣性qiime2分析流程(6) 數(shù)據(jù)可視化分析(上）在之前的幾篇文章里镜遣，介紹了如何整合dada2的分析結(jié)果，并且已經(jīng)通過(guò)MicrobiotaProcess包轉(zhuǎn)化為了phyloseq對(duì)象士袄，接下來(lái)先讓我們進(jìn)行一些基礎(chǔ)的可視化操作....
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感謝題主～我在下載時(shí)遇到了一些問(wèn)題，在此補(bǔ)充幾點(diǎn)哈：1赤拒、R和Rstudio的安裝路徑不可有英文秫筏；2诱鞠、兩者安裝目錄要相同；3跳昼、以管理員身份運(yùn)行Rstudio
R與RStudio的安裝
1.什么是R R是用于統(tǒng)計(jì)分析般甲、繪圖的語(yǔ)言和操作環(huán)境。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由鹅颊、免費(fèi)敷存、源代碼開(kāi)放的軟件，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具堪伍。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)锚烦，R是一門統(tǒng)計(jì)計(jì)...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了涮俄。不過(guò)我一直并沒(méi)有使用它。主要原因是尸闸，常用的快速構(gòu)建ML樹(shù)的軟件是FastTree彻亲，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
