軟件簡(jiǎn)介 Celescope可從二代測(cè)序下機(jī)的原始fastq數(shù)據(jù)開(kāi)始處理,經(jīng)過(guò)細(xì)胞標(biāo)簽的提取互纯、質(zhì)控與校正瑟幕,測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控,參考基因組比對(duì),基因定量只盹,UMI糾錯(cuò)與計(jì)數(shù)后確定細(xì)胞數(shù)...
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目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea孵稽,今天介紹CIBERSORT许起。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
如果只是做單個(gè)樣本的sc-RNA-seq數(shù)據(jù)分析,并不能體會(huì)到Seurat的強(qiáng)大菩鲜,因?yàn)镾eurat天生為整合而生园细。 本教程展示的是兩個(gè)pbmc數(shù)據(jù)(受刺激組和對(duì)照組)整合分析...
本課件介紹了基于基因集的代謝通路以及網(wǎng)絡(luò)分析招刹,盡管這方面的研究最早不是應(yīng)用在單細(xì)胞層面的,但是在單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘過(guò)程中也可以給我們不少的啟發(fā)窝趣。沒(méi)有任何一個(gè)基因是孤島疯暑。 在單細(xì)胞...