發(fā)簡(jiǎn)信
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簡(jiǎn)書(shū)答疑公告
其實(shí)我轉(zhuǎn)移到了別的平臺(tái)，簡(jiǎn)書(shū)很久才看一次京痢，評(píng)論看到的時(shí)候基本已經(jīng)過(guò)去很多天奶甘，另外平時(shí)工作繁忙，很少有功夫回復(fù)祭椰。如果是跟我的教程學(xué)習(xí)臭家，有卡住的情況...
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python單細(xì)胞數(shù)據(jù)的基因集打分1.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 隨便一個(gè)h5文件即可疲陕。我這里使用的是pbmc3k，scanpy推文最后生成的文件就是它钉赁。 2.獲取用于評(píng)分的基因集合 基本上...
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不看KM-plot蹄殃，不做cox回歸，怎么量化哪個(gè)組的預(yù)后好背景知識(shí) 講課講到批量的logrank test可以告訴我們兩個(gè)組之間的生存率差別是否顯著你踩，收到提問(wèn)說(shuō)： 老師诅岩，剛才的 生存分析中带膜，展示了所有基...
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富集的物種不是人咋整啊1.ID轉(zhuǎn)換 首先是要轉(zhuǎn)換ID,擬南芥是要TAIR id來(lái)做富集分析吩谦。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID來(lái)做膝藕，會(huì)收到這樣式的報(bào)錯(cuò)信息： 那我...
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WGCNA（一）案例：研究蘋(píng)果的果皮顏色機(jī)制任務(wù)驅(qū)使式廷，直接看代碼不明白是在干嘛。所以找了基因課的WGCNA課程來(lái)看芭挽，鏈接：http://genek.tv/[http://genek.tv/...
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python 單細(xì)胞scanpy流程1.數(shù)據(jù)和包準(zhǔn)備 著名的pbmc3k數(shù)據(jù)：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc...
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一個(gè)數(shù)據(jù)里兩種分組信息怎么做差異分析1.背景知識(shí) 眾所周知，limma可以做基因表達(dá)芯片和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的差異分析袜爪，可以方便的得處兩組之間有表達(dá)量差別的基因蠕趁。多分組差異分析其實(shí)也是兩兩...
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什么？一個(gè)單細(xì)胞樣本變成倆了辛馆？1.背景知識(shí) 眾所周知俺陋，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的輸入文件是多種多樣的，詳見(jiàn):不同文件格式單細(xì)胞數(shù)據(jù)讀取流程 https://mp.weixin.qq....