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作者，追風(fēng)少年i hello泳唠，大家好幸逆，今天這個日子相信大家都不會陌生吧宾舅，不知道有沒有當年復(fù)讀的童鞋骇径，日子很快，恐怕高考之后米间，再也沒有經(jīng)歷過高中那種煉獄的日子。 今天我們分享一...

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在Seurat膘侮，我們選擇使用future框架進行并行屈糊。如果您有興趣了解更多有關(guān)future框架的內(nèi)容，請點擊此處[https://cran.r-project.org/web...

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pheatmap是繪制熱圖的經(jīng)典R包琼了。其中一些細節(jié)參數(shù)設(shè)置逻锐，之前每次遇到都是網(wǎng)上搜索夫晌。這次系統(tǒng)整理下常用用法，為以后繪圖提供方便昧诱。 0晓淀、示例數(shù)據(jù)與R包加載 （1）模擬示例數(shù)據(jù)...

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GSVA基因集變異分析結(jié)合limma包分析差異基因集 基因集變異分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一種非參數(shù)的無監(jiān)督分析方法凶掰，主要用...

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image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機器學(xué)習(xí)算法，來對單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析蜈亩。Mono...

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差異基因表達分析是RNA-Seq實驗中的常見任務(wù)懦窘，Monocle2可以幫助我們找到在不同組細胞之間差異表達的基因，并評估這些基因差異表達變化的統(tǒng)計學(xué)意義稚配。 Basic Dif...

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image 在單細胞實驗中畅涂，我們所取的組織樣本通常是混雜有多種細胞類型的復(fù)雜混合物。解離的組織樣本可能包含有兩種道川，三種甚至許多不同的細胞類型午衰。在這種情況下，最好使用已知的ma...

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Monocle包是一個強大的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具冒萄，它引入了一個對單細胞進行排序的新方法（擬時序分析）苇经，通過利用不同細胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過程，將它們沿著與生物過程（如細胞分化...

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ggstatsplot是ggplot2包的擴展，主要用于繪制可發(fā)表的圖片同時標注統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果奠旺，其統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果包含統(tǒng)計分析的詳細信息蜘澜，該包對于經(jīng)常需要做統(tǒng)計分析的科研工作者...

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擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析响疚，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程鄙信，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...

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突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個選項了忿晕。是時候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個值得注意的參數(shù)装诡，它旨在說明你想...

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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...

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CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹咕幻，cel...

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