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作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，今天這個(gè)日子相信大家都不會(huì)陌生吧唉侄，不知道有沒有當(dāng)年復(fù)讀的童鞋，日子很快，恐怕高考之后崭庸，再也沒有經(jīng)歷過高中那種煉獄的日子。 今天我們分享一...

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在Seurat，我們選擇使用future框架進(jìn)行并行怕享。如果您有興趣了解更多有關(guān)future框架的內(nèi)容执赡，請(qǐng)點(diǎn)擊此處[https://cran.r-project.org/web...

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pheatmap是繪制熱圖的經(jīng)典R包。其中一些細(xì)節(jié)參數(shù)設(shè)置函筋，之前每次遇到都是網(wǎng)上搜索沙合。這次系統(tǒng)整理下常用用法，為以后繪圖提供方便跌帐。 0首懈、示例數(shù)據(jù)與R包加載 （1）模擬示例數(shù)據(jù)...

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GSVA基因集變異分析結(jié)合limma包分析差異基因集 基因集變異分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一種非參數(shù)的無(wú)監(jiān)督分析方法究履，主要用...

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image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，來對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析脸狸。Mono...

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差異基因表達(dá)分析是RNA-Seq實(shí)驗(yàn)中的常見任務(wù)挎袜，Monocle2可以幫助我們找到在不同組細(xì)胞之間差異表達(dá)的基因，并評(píng)估這些基因差異表達(dá)變化的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義肥惭。 Basic Dif...

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image 在單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中盯仪，我們所取的組織樣本通常是混雜有多種細(xì)胞類型的復(fù)雜混合物。解離的組織樣本可能包含有兩種蜜葱，三種甚至許多不同的細(xì)胞類型全景。在這種情況下，最好使用已知的ma...

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Monocle包是一個(gè)強(qiáng)大的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具牵囤，它引入了一個(gè)對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行排序的新方法（擬時(shí)序分析）爸黄，通過利用不同細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過程，將它們沿著與生物過程（如細(xì)胞分化...

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ggstatsplot是ggplot2包的擴(kuò)展，主要用于繪制可發(fā)表的圖片同時(shí)標(biāo)注統(tǒng)計(jì)學(xué)分析結(jié)果野崇，其統(tǒng)計(jì)學(xué)分析結(jié)果包含統(tǒng)計(jì)分析的詳細(xì)信息称开，該包對(duì)于經(jīng)常需要做統(tǒng)計(jì)分析的科研工作者...

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擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析乓梨，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程鳖轰，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...

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突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了扶镀。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)蕴侣，它旨在說明你想...

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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...

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CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來在簡(jiǎn)書寫了一篇cellchat的中文介紹教程辱志，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...

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