定義：在基因組序列信息已知的基礎(chǔ)上，對已知基因和基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較顶瞒，了解基因的功能夸政，表達(dá)調(diào)控機(jī)制和物種進(jìn)化過程（簡單來說就是拿組裝好的基因組做比對，挖掘物種特異信息） 研究內(nèi)...
IP屬地：陜西
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比較基因組學(xué)的研究內(nèi)容
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TBtools | 批量計算蛋白分子量搁拙、等電點(diǎn)秒梳、不穩(wěn)定系數(shù)法绵、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議酪碘。早晨朋譬，他突然提起了，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標(biāo)的計算兴垦，鼓搗起來還是麻...
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NetworkAnalyst3.0：差異基因篩選探越，功能富集分析狡赐、基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等功能于一體的在線基因表達(dá)分析工具
hello大家好，小月亮又和大家見面了钦幔。上篇軟文小月亮給大家介紹了NetworkAnalyst3.0工具的概覽枕屉。這次小月亮就給大家詳細(xì)介紹NetworkAnalyst3.0工...
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被子植物系統(tǒng)發(fā)育位置 雜記被子植物中，無油樟目（Amborellales）鲤氢、睡蓮目（Nymphaeales）和木蘭藤目（Austrobaileyales）并稱基部被子植物類群搀擂，取首字母組合成了ANA ...
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非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建卷玉，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了哨颂。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功相种，要么缺乏物種信息威恼，要么缺乏gene symbol...
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基因表達(dá)趨勢分析-2：Mfuzz基因表達(dá)趨勢分析-1：TCseq[http://www.reibang.com/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達(dá)譜的潛在時間序列模式，并將相似模式的基...
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轉(zhuǎn)錄組分析6——GO/KEGG富集分析莎莎寫于2020.5.2這是5月堅持的第2天寝并，要一直堅持寫啊箫措，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分析? MsigDB數(shù)據(jù)庫? G...
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代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)聯(lián)合分析綜述
轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptomics） 是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科 其研究對象是植物細(xì)胞在特定功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出的所有RNA 的總和，包括...
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如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡單别渔。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢附迷，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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RNA-Seq：從fastq到表達(dá)矩陣一、測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 新建工作目錄哎媚，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/ 新建data文件夾喇伯； mkdi...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作圖！featureCounts是一個用來統(tǒng)計count數(shù)的軟件拨与，運(yùn)行的速度飛快稻据，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先說一下怎么下載這個軟件： 然后來說這次的流程...
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轉(zhuǎn)錄組定量工具-featureCounts安裝及使用計算表達(dá)量可以用 StringTie、Htseq-count或featureCount 捻悯，第一次做轉(zhuǎn)錄組分析時匆赃，參照了一篇Cell的子刊文章的分析方法，里面使用的STAR+f...
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【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 今缚、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量算柳，不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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插件 | Hisat2+StringTie 本地界面化（Win/Mac）姓言，點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)瞬项，完成轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析寫在前面 早前，我已經(jīng)通過插件的方式何荚，讓所有 TBtools 用戶囱淋，都能完成 RNAseq 數(shù)據(jù)分析，從測序原始數(shù)據(jù)到基因表達(dá)量餐塘，使用的是一個曲線救國的策略妥衣，即直接使用 ka...
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MUMMER 兩個基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度戒傻，所以一般都是逐個基因的比較称鳞，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
