定義：在基因組序列信息已知的基礎(chǔ)上是尖，對(duì)已知基因和基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較罚舱，了解基因的功能叶圃，表達(dá)調(diào)控機(jī)制和物種進(jìn)化過程（簡單來說就是拿組裝好的基因組做比對(duì)，挖掘物種特異信息） 研究內(nèi)...
IP屬地：臺(tái)灣
-
比較基因組學(xué)的研究內(nèi)容
-
TBtools | 批量計(jì)算蛋白分子量荸恕、等電點(diǎn)榆浓、不穩(wěn)定系數(shù)、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿弱贼，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議蒸苇。早晨，他突然提起了吮旅，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標(biāo)的計(jì)算溪烤，鼓搗起來還是麻...
-
-
NetworkAnalyst3.0：差異基因篩選檬嘀，功能富集分析莺葫、基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等功能于一體的在線基因表達(dá)分析工具
hello大家好，小月亮又和大家見面了枪眉。上篇軟文小月亮給大家介紹了NetworkAnalyst3.0工具的概覽捺檬。這次小月亮就給大家詳細(xì)介紹NetworkAnalyst3.0工...
-
被子植物系統(tǒng)發(fā)育位置 雜記被子植物中，無油樟目（Amborellales）贸铜、睡蓮目（Nymphaeales）和木蘭藤目（Austrobaileyales）并稱基部被子植物類群堡纬，取首字母組合成了ANA ...
-
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建蒿秦，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了烤镐。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
-
用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功棍鳖，要么缺乏物種信息炮叶，要么缺乏gene symbol...
-
基因表達(dá)趨勢分析-2：Mfuzz基因表達(dá)趨勢分析-1：TCseq[http://www.reibang.com/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識(shí)別表達(dá)譜的潛在時(shí)間序列模式，并將相似模式的基...
-
轉(zhuǎn)錄組分析6——GO/KEGG富集分析莎莎寫于2020.5.2這是5月堅(jiān)持的第2天渡处，要一直堅(jiān)持寫啊镜悉，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分析? MsigDB數(shù)據(jù)庫? G...
-
代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)聯(lián)合分析綜述
轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptomics） 是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科 其研究對(duì)象是植物細(xì)胞在特定功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出的所有RNA 的總和，包括...
-
-
如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡單醇份。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢稼锅，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
-
RNA-Seq：從fastq到表達(dá)矩陣一、測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 新建工作目錄僚纷，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/ 新建data文件夾矩距； mkdi...
-
Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作圖！featureCounts是一個(gè)用來統(tǒng)計(jì)count數(shù)的軟件怖竭，運(yùn)行的速度飛快锥债，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先說一下怎么下載這個(gè)軟件： 然后來說這次的流程...
-
轉(zhuǎn)錄組定量工具-featureCounts安裝及使用計(jì)算表達(dá)量可以用 StringTie侵状、Htseq-count或featureCount 赞弥，第一次做轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)，參照了一篇Cell的子刊文章的分析方法趣兄，里面使用的STAR+f...
-
【RNA-seq自學(xué)08】數(shù)據(jù)分析之表達(dá)定量 featureCount 绽左、表達(dá)矩陣featuresCounts 軟件用于定量，不僅可以支持gene的定量艇潭，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
-
插件 | Hisat2+StringTie 本地界面化（Win/Mac）拼窥，點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)戏蔑，完成轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析寫在前面 早前，我已經(jīng)通過插件的方式鲁纠，讓所有 TBtools 用戶总棵，都能完成 RNAseq 數(shù)據(jù)分析，從測序原始數(shù)據(jù)到基因表達(dá)量改含，使用的是一個(gè)曲線救國的策略情龄，即直接使用 ka...
-
MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度捍壤，所以一般都是逐個(gè)基因的比較骤视，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
-
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
