實例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一冰更、確定目標(biāo)通路 打開KEGG選擇pathway尚辑，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞呻粹。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
IP屬地：江蘇
-
R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG） -
單細胞之富集分析-6：PROGENy單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
-
單細胞分析之細胞交互-4：NicheNet常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體苏研、配體以及兩種相互作用...
-
AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞尚猿。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
-
單細胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
-
單細胞分析之細胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體楣富、配體以及兩種相互作用...
-
手把手演示R語言繪制多個基因表達值小提琴圖數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 整合小提琴圖 小提琴圖DCIS VS. IBC/N 小提琴圖DCISS VS. IBCS/NS 箱線圖
-
IL-17在腫瘤發(fā)展中的作用
簡介 我們今天要介紹的信號通路主角是白細胞介素IL-17，IL-17家族是由IL-17A-F組成的細胞因子的一個子集伴榔，IL-17是一種有效的促炎細胞因子纹蝴，在多種腫瘤中已被證實...
-
R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點是在線爬取數(shù)據(jù)踪少，結(jié)果很可信塘安，但是缺點也是網(wǎng)絡(luò)問題，網(wǎng)絡(luò)差點就要等很久援奢，不過GSEA有自帶GMT文件兼犯，因此下載好...
-
單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的切黔，儲存受體砸脊、配體以及兩種相互作用...
-
細胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細胞配受體通識以及常見細胞分泌信號通路[http://www.reibang.com/p/df4721d29a91]CellChat：細胞間相互作用分析利器[https:/...
-
單細胞分析之細胞交互-1：CellphoneDB常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體纬霞、配體以及兩種相互作用...
-
CytoTRACE：推斷擬時細胞起點輔助在做monocle的時候凌埂，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細胞的起點了。如果是比較明確的分析知道起點诗芜，或者有參考文獻瞳抓，結(jié)合自己的生物學(xué)背景能夠推斷還好，可是如果自己一篇空白伏恐，該怎么...
-
單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
-
單細胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿孩哑，非一日之功 本期內(nèi)容同時發(fā)布于單細胞天地微信公眾號。 在進行單細胞分析時翠桦，非常重要的一步就是聚類分群横蜒，而在這個過程當(dāng)中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個合適的分辨率（re...
-
