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HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包螃成,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq —...
轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一北戏,就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因尿赚。那么督惰,如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達(dá)值察皇,識別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢茴厉?DESeq2是...
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程,適用于初學(xué)者入門閱讀什荣,從原始測序數(shù)據(jù)開始矾缓,經(jīng)過質(zhì)控、序列比對溃睹、定量表達(dá)而账、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟因篇,最終獲得基因表達(dá)信息泞辐。...
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RNA-seq 轉(zhuǎn)錄組 轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)的研究對象是全基因組尺度下所有轉(zhuǎn)錄本(transcript)锯茄,即轉(zhuǎn)錄組(transcriptome) 轉(zhuǎn)錄本...
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路 數(shù)據(jù)產(chǎn)生 -測序的平臺和測序的類型-測序基本原理1.single end 厢塘、2.pair end測序、3.mate pair測序-實(shí)驗(yàn)設(shè)計 ...