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HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包勘究,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq —...
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的之一矮湘,就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么口糕,如何基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值缅阳,識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢?DESeq2是...
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡(jiǎn)單流程景描,適用于初學(xué)者入門閱讀十办,從原始測(cè)序數(shù)據(jù)開始,經(jīng)過質(zhì)控伏伯、序列比對(duì)橘洞、定量表達(dá)、差異表達(dá)说搅、功能富集等一系列分析步驟炸枣,最終獲得基因表達(dá)信息。...
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RNA-seq 轉(zhuǎn)錄組 轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)的研究對(duì)象是全基因組尺度下所有轉(zhuǎn)錄本(transcript)候引,即轉(zhuǎn)錄組(transcriptome) 轉(zhuǎn)錄本...
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路 數(shù)據(jù)產(chǎn)生 -測(cè)序的平臺(tái)和測(cè)序的類型-測(cè)序基本原理1.single end 侯养、2.pair end測(cè)序、3.mate pair測(cè)序-實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) ...