使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
發(fā)簡信
IP屬地：加州
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HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計算） -
HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（一：上游數(shù)據(jù)預(yù)處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-C原始數(shù)據(jù)處理流程龟再，以及不同H...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（二：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換）
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個軟件就能將全套流程全部分析完覆醇，從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計算春霍，loop計算等需要用到眾多軟件翠胰，但是在數(shù)據(jù)格式方面榕堰，各大軟件又不一致佳励，所以要進(jìn)行很多...
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對于純生信SCI來說慰照，1分未必就好發(fā)，5分未必就難發(fā)
在正常的情況下，很多人普遍認(rèn)為SCI期刊的影響因子越低淤袜，就越好投痒谴，就是容易發(fā)表。一般情況下铡羡，這樣的思維和想法都是對的积蔚。但是對于一些特殊類的文章，這種想法是行不通的蓖墅，例如純生信...
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和這樣的女孩談戀愛最累库倘。
大家好，這里是胡hu蘿卜須论矾。公總號：胡hu蘿卜須 ▼ 隨著年齡的慢慢增長，真的越來越喜歡那種無負(fù)擔(dān)的戀愛了杆勇。 不喜歡麻煩贪壳，不喜歡哄來哄去。 最好能別給對方添麻煩蚜退，兩人都輕輕松...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時候季更闰靴，有時候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本钻注。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生蚂且，公眾號：基因組學(xué)研究...
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GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8類基因集，基本上可以解決80%-90%用到的問題幅恋，當(dāng)然杏死，我們都還有個性化需求，這個時候就需要我們自己動手啦捆交。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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一個不成熟的小腳本淑翼，ATAC數(shù)據(jù)一鍵預(yù)處理從fastq到treated bam
數(shù)據(jù)從下機(jī)fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要運行去接頭品追，比對玄括，去復(fù)，去MT肉瓦，shift遭京，排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個shell中，但是每次還是需要...
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3D Genome可視化工具
3D Genome 可視化工具 可視化工具介紹 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項目挺有意思的泞莉，即旨在理解核的三維結(jié)構(gòu)加上在時...
