廢話不多說放坏，直接上干貨。 一玛瘸、確定腫瘤代碼 TCGA涵蓋30多種癌癥，9000多個病人苟蹈，數(shù)據(jù)庫里的癌癥名稱是縮寫的形式糊渊，TCGA癌癥中英文對照可以參考：TCGA癌癥中英文對照...
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TCGA數(shù)據(jù)分析系列（一：數(shù)據(jù)下載清洗） -
HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲渺绒、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看，有需要歡迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（二：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換）
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個軟件就能將全套流程全部分析完菱鸥，從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計算宗兼，loop計算等需要用到眾多軟件，但是在數(shù)據(jù)格式方面采缚，各大軟件又不一致针炉，所以要進行很多...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（一：上游數(shù)據(jù)預(yù)處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-C原始數(shù)據(jù)處理流程挠他，以及不同H...
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2019.8月中旬開始系統(tǒng)自學(xué)生信固蛾，<br>自學(xué)路漫漫索性報個班结执。<br><br>生信技能樹真的很棒！<br><br>這是我的一個學(xué)習(xí)筆記平臺艾凯，點滴記錄献幔。
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心蜡感，又辜負(fù)了努力
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3D基因組學(xué)在白血病中的研究進展——分子分型郑兴、診斷、預(yù)后2022年10月26日贝乎，岳峰/鄭弘在《nature》雜志上發(fā)表題為 Subtype-specific 3D genome alteration in acute myelo...
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對于純生信SCI來說情连，1分未必就好發(fā)，5分未必就難發(fā)
在正常的情況下览效，很多人普遍認(rèn)為SCI期刊的影響因子越低蒙具，就越好投，就是容易發(fā)表朽肥。一般情況下禁筏，這樣的思維和想法都是對的。但是對于一些特殊類的文章衡招，這種想法是行不通的篱昔，例如純生信...
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和這樣的女孩談戀愛最累。
大家好始腾，這里是胡hu蘿卜須州刽。公總號：胡hu蘿卜須 ▼ 隨著年齡的慢慢增長，真的越來越喜歡那種無負(fù)擔(dān)的戀愛了浪箭。 不喜歡麻煩穗椅，不喜歡哄來哄去。 最好能別給對方添麻煩奶栖，兩人都輕輕松...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時候季更匹表，有時候月更的基因組學(xué)研究生门坷。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生袍镀，公眾號：基因組學(xué)研究...
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GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8類基因集默蚌，基本上可以解決80%-90%用到的問題，當(dāng)然苇羡，我們都還有個性化需求绸吸，這個時候就需要我們自己動手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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一個不成熟的小腳本设江，ATAC數(shù)據(jù)一鍵預(yù)處理從fastq到treated bam
數(shù)據(jù)從下機fq.gz文件到可用的 .bam文件锦茁，每次都需要運行去接頭，比對叉存，去復(fù)蜻势，去MT，shift鹉胖，排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個shell中握玛，但是每次還是需要...
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3D Genome可視化工具
3D Genome 可視化工具 可視化工具介紹 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項目挺有意思的，即旨在理解核的三維結(jié)構(gòu)加上在時...
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TPM值的計算
TPM (推薦軟件甫菠，RSEM/Stringtie) 的計算公式：TPMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm)Ni：mapping到基...
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開心挠铲！簡書邀我簽約剛帶寶寶賞完牡丹花，回到家寂诱，喂完奶拂苹，打開簡書，就看到了一條令人振奮的信息痰洒！ 信息內(nèi)容如下：尊敬的簡書創(chuàng)作者瓢棒，您的文章非常優(yōu)秀，我們希望獲得您的授權(quán)丘喻。請點擊此鏈接進行授權(quán)脯宿。 當(dāng)...
