引言 在過去的十年里订晌，單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)徹底改變了我們對復(fù)雜生物系統(tǒng)的理解虏辫，尤其是在癌癥研究領(lǐng)域。癌癥作為一種由多種遺傳克隆和惡性細(xì)胞狀態(tài)組成的復(fù)雜生...
發(fā)簡信
IP屬地：陜西
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癌癥細(xì)胞狀態(tài)的十年探索：單細(xì)胞RNA測序的啟示 -
腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對免疫檢查點阻斷的響應(yīng)腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對免疫檢查點阻斷的響應(yīng) 在免疫治療領(lǐng)域锈拨，探索腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞對免疫檢查點阻斷（ICB）的響應(yīng)機(jī)制一直是研究熱點砌庄。一篇2022年發(fā)表在...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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Vecyloto.R的安裝（碰壁無數(shù)次，終于成功）
（文中引用了一些其他作者的教程奕枢，如果是不允許轉(zhuǎn)載的請私信告知我娄昆，我會立即刪除，謝謝）velocyto用于單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析（RNA速率分析）的工具缝彬。除了常用的擬時序軌跡分析萌焰，R...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.reibang.com/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化谷浅，...
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是的扒俯，確實是這個數(shù)據(jù)集??
單細(xì)胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入
要做單細(xì)胞分析，尤其是從公司拿回數(shù)據(jù)一疯，或者從公共數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)撼玄，看起來眼花繚亂的分析結(jié)果，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入墩邀，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析掌猛。 數(shù)據(jù)應(yīng)該是什么樣子 首先需...
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基于剪切速率的擬時序分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序 (scRNA-seq)中擬時序分析是很常見的，是用來推斷不同的細(xì)胞類型間的發(fā)育關(guān)系眉睹，有一類通過RNA速率來推斷軌跡的方法荔茬，在此介紹一下废膘。 RNA veloc...
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SCTransform：單細(xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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批次將文件夾中的內(nèi)容讀入
使用for循環(huán) 使用for循環(huán)睦柴，依次讀入文件夾“input”中的文件，將讀入的數(shù)據(jù)放入一個list 使用lapply 函數(shù)
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環(huán)境配置筆記12-解決SeuratData包InstallData()無法安裝數(shù)據(jù)集
近期Seurat官網(wǎng)國內(nèi)上不去毡熏，因此在服務(wù)器上也無法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù)坦敌，有以下報錯： 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集，...
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概覽劉小澤寫于19.5.7主要看流程痢法，這一篇不涉及真實數(shù)據(jù)展示 總的來說狱窘，Cell Ranger主要的流程有：拆分?jǐn)?shù)據(jù) mkfastq、細(xì)胞定量 count财搁、定量組合 aggr蘸炸、...
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這個計算方式，如果不是兩組尖奔，也就是不是“control”和“treat”搭儒，而是“group1”， “group2”提茁， “group3”淹禾， “group4”，是不是不能這樣計算了甘凭？因為我看這一步“PCR$ddct=PCR$dct-mean(PCR$dct[1:3]) ##?Ct-對照組Ct均值稀拐，即??Ct”中mean(PCR$dct[1:3])是一個定值
R語言處理PCR數(shù)據(jù)，一步畫柱狀圖丹弱、添加顯著性標(biāo)志并實現(xiàn)截斷
PCR數(shù)據(jù)要有三列德撬，一列是組名铲咨，一列是內(nèi)參基因的CT值，一列是目的基因的CT值蜓洪，計算方法是-2??Ct 法纤勒，實現(xiàn)一步出圖用的是ggpubr，實現(xiàn)截斷則是Y叔出手的ggbrea...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的恐仑，儲存受體泉坐、配體以及兩種相互作用...
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ggplot2編寫函數(shù)來繪圖本節(jié)來介紹如何編寫函數(shù)來進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化，平時畫圖時我們經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)需要編寫許多重復(fù)的代碼來進(jìn)行繪圖裳仆，這樣不僅使代碼冗余也大大降低了代碼的可閱讀性腕让，因此掌握如何編寫函數(shù)來簡化代碼...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好歧斟，今天周一纯丸，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分静袖，無論是單細(xì)胞還是空間觉鼻，基因集打分都很普遍，方法也很多队橙，我們來總結(jié)一下坠陈。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中，整...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會對差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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單細(xì)胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入要做單細(xì)胞分析喘帚，尤其是從公司拿回數(shù)據(jù)畅姊，或者從公共數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)，看起來眼花繚亂的分析結(jié)果吹由，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入若未，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析。 數(shù)據(jù)應(yīng)該是什么樣子 首先需...
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單細(xì)胞分析（三）——細(xì)胞分群單獨展示使用降維分析圖展示marker基因 大部分單細(xì)胞分析倾鲫，以及seurat package這個包給出的示例粗合，也都是某一marker基因在降維分析之后得到位置的表現(xiàn)。例如下圖 單細(xì)...
個人介紹
Stay Hungry. Stay Foolish
學(xué)點R語言乌昔，搞點數(shù)據(jù)挖掘
專注腫瘤研究和學(xué)習(xí)
ORCID:https://orcid.org/0000-0002-0660-7802
CSDN：https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog 生信小鵬
學(xué)點R語言乌昔，搞點數(shù)據(jù)挖掘
專注腫瘤研究和學(xué)習(xí)
ORCID:https://orcid.org/0000-0002-0660-7802
CSDN：https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog 生信小鵬