一迄薄、環(huán)境 linux-ubuntuanaconda3/miniconda 二然痊、實(shí)操演示 1.conda是安裝QIIME2的首選工具，但是很多國內(nèi)的朋友苦于無法鏈接網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致...
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Conda安裝qiime2（目前最有效的方法） -
5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計(jì)算和可視化簡介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和令漂，一般用Observed OTU(observed species)表示膝昆，只有物種...
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R包安裝、卸載的多種方式本期內(nèi)容 查看及修改R包的安裝路徑 修改安裝包的默認(rèn)鏡像源 R包的多種安裝方式 R包卸載 以下如無特殊說明叠必，命令都是在R中運(yùn)行 查看及修改R包的安裝路徑 重啟R外潜，再次查看安裝...
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R及R包安裝处窥、更新、卸載玄组、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio滔驾，要更新library里所有包谒麦，一種方法是點(diǎn)擊Tools，選擇Check for Package Updates即可哆致。 ...
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樓主您好摊阀，我在測試的時(shí)候最后四行代碼出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)
Error: object 'rowtype' not found
Error: object 'coltype' not foundComplexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置
ComplexHeatmap是一個(gè)很好用的繪制熱圖的R包耻蛇。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置。在原函數(shù)中沒有設(shè)置字體的參數(shù)胞此。查看有關(guān)...
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Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置ComplexHeatmap是一個(gè)很好用的繪制熱圖的R包臣咖。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置。在原函數(shù)中沒有設(shè)置字體的參數(shù)漱牵。查看有關(guān)...
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perl腳本練習(xí)：fasta格式與tab格式序列之間相互轉(zhuǎn)換(2)(適用范圍更廣)
前言 我的認(rèn)知里夺蛇，fasta格式中“>”只會(huì)位于行首。但是我寫腳本用的示例數(shù)據(jù)里出兩行特殊id酣胀。這兩個(gè)id中除了行首的“>”刁赦，中間還有“>”，造成原腳本不能適用闻镶。所以在腳本里...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我們來講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個(gè)核心铆农，那就是： “將我們挑出來的基因歸歸類宦焦，聚類分析，看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table酝豪， 距離矩陣涛碑，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)孵淘，為常規(guī)分析流程蒲障。可以使用usear...
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??[可視化|R包]ComplexHeatmap學(xué)習(xí)筆記④Heatmap AnnotationsComplexHeatmap學(xué)習(xí)筆記①Introduction to ComplexHeatmap package ComplexHeatmap學(xué)習(xí)筆記②Making A S...
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LPSN | 原核生物標(biāo)準(zhǔn)命名列表LPSN全稱List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature毅否。源自1997亚铁，近期更新發(fā)表文章于2020。該數(shù)據(jù)庫...
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mantel test 簡單教程由于論文問題螟加，這里重做了mantel test徘溢，所以記錄一下完整的重做過程。首先是運(yùn)行語言捆探，這路選擇R語言作為計(jì)算語言然爆。 1 package ggcor作者刪除了賬號，不知...
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R實(shí)戰(zhàn) | OPLS-DA（正交偏最小二乘判別分析)篩選差異變量(VIP)及其可視化主成分分析（PCA）是一種無監(jiān)督降維方法徐许，能夠有效對高維數(shù)據(jù)進(jìn)行處理施蜜。但PCA對相關(guān)性較小的變量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判別分析）能夠有效解決這個(gè)問題雌隅。而OPLS-...
