Cutadapt安裝 基本命令 例子： 常用參數(shù) 參數(shù)詳解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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cutadapt 使用詳解 -
【生信工具】seqkit-fa&fq文件處理利器作為生信入門訓(xùn)練，我們常用perl python等腳本語言實(shí)現(xiàn)對(duì)基因組文件的處理，練習(xí)常規(guī)的文本文件處理纱扭。最近再做單細(xì)胞方面的技術(shù)開發(fā)艺沼，需要自己手動(dòng)合成一個(gè)嵌合兩種物種的基因...
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Conda安裝qiime2（目前最有效的方法）一释漆、環(huán)境 linux-ubuntuanaconda3/miniconda 二、實(shí)操演示 1.conda是安裝QIIME2的首選工具篮迎，但是很多國(guó)內(nèi)的朋友苦于無法鏈接網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致...
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5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計(jì)算和可視化簡(jiǎn)介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和症虑，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物種...
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R包安裝归薛、卸載的多種方式本期內(nèi)容 查看及修改R包的安裝路徑 修改安裝包的默認(rèn)鏡像源 R包的多種安裝方式 R包卸載 以下如無特殊說明谍憔，命令都是在R中運(yùn)行 查看及修改R包的安裝路徑 重啟R匪蝙，再次查看安裝...
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R及R包安裝逛球、更新、卸載沈条、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio需忿，要更新library里所有包诅炉，一種方法是點(diǎn)擊Tools蜡歹，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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樓主您好，我在測(cè)試的時(shí)候最后四行代碼出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)
Error: object 'rowtype' not found
Error: object 'coltype' not foundComplexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置
ComplexHeatmap是一個(gè)很好用的繪制熱圖的R包议纯。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置父款。在原函數(shù)中沒有設(shè)置字體的參數(shù)。查看有關(guān)...
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Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置ComplexHeatmap是一個(gè)很好用的繪制熱圖的R包瞻凤。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置憨攒。在原函數(shù)中沒有設(shè)置字體的參數(shù)。查看有關(guān)...
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perl腳本練習(xí)：fasta格式與tab格式序列之間相互轉(zhuǎn)換(2)(適用范圍更廣)
前言 我的認(rèn)知里阀参，fasta格式中“>”只會(huì)位于行首肝集。但是我寫腳本用的示例數(shù)據(jù)里出兩行特殊id。這兩個(gè)id中除了行首的“>”蛛壳，中間還有“>”杏瞻，造成原腳本不能適用。所以在腳本里...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我們來講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個(gè)核心，那就是： “將我們挑出來的基因歸歸類忧吟，聚類分析砌函，看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table讹俊， 距離矩陣，物種多樣性指數(shù)斩祭，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)劣像，為常規(guī)分析流程〈菝担可以使用usear...
