交叉驗證 犀利的開頭 在機器學(xué)習(xí)中，我們用訓(xùn)練數(shù)據(jù)集去訓(xùn)練(學(xué)習(xí))一個model(模型)拍谐，通常的做法是定義一個Loss function（誤差函數(shù)），通過將這個Loss(或者...
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交叉驗證凫碌，K折交叉驗證的偏差和方差分析 -
免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）--Gistic 2.0在線分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析講了如何整理好Copy Number Segment 數(shù)據(jù)抖拦，這次我們使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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復(fù)現(xiàn)《Cell》文章圖表：氣泡熱圖展示基因表達+分組添加今天我們來復(fù)現(xiàn)一下一篇《cell》文章中的圖標(biāo)刹枉，圖如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeut...
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GeneCard數(shù)據(jù)庫當(dāng)你在研究一個基因時檬洞，你應(yīng)該首先應(yīng)該知道這個基因的研究的進展荡陷，如該基因是否是個與癌癥相關(guān)基因雨效，它在各種細(xì)胞系或者組織中的表達，它的產(chǎn)物能與哪些蛋白質(zhì)相互作用废赞，參與了哪些細(xì)胞通...
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趨化因子Chemokines家族趨化因子是一類小分子分泌性蛋白(約8-10 kDa)唉地，其與七次跨膜G 蛋白偶聯(lián)受體結(jié)合据悔，在穩(wěn)態(tài)和炎癥狀態(tài)下指導(dǎo)細(xì)胞遷移传透。表達趨化因子受體的細(xì)胞向趨化因子高濃度的區(qū)域遷移。 盡...
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CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計算方法是CIBERSORT和ssgsea极颓，今天介紹CIBERSORT朱盐。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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如何使用R語言找出某一個通路的所有基因名字
上周為了督促自己有效的學(xué)習(xí)，立下了每周至少更一篇生信學(xué)習(xí)筆記的flag菠隆。 本打算從這周開始先寫一系列的生信基礎(chǔ)概念知識兵琳，沒想到很快就接到了大佬Jimmy老師的一個小任務(wù)：如何...
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使用oncoPrint繪制瀑布圖殺殺生信分析中，我們在全基因組測序后會獲得分子突變譜信息赃绊，如何直觀地將各種疾病分子亞型下的基因突變特征既峡，以及分子共突變/互斥突變的特征展示出來呢？ 我們可以使用R語言中一個非...
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R-ggplot2-瀑布圖包安裝使用太復(fù)雜碧查，本文給出ggplot2版解決方案目錄 0.問題導(dǎo)入 1.ggplot2精仿版瀑布圖預(yù)覽 2.示例數(shù)據(jù)生成 3.繪制主圖1 4.繪制主圖2 5.主圖1-2 圖例提取 6.繪制瀑布圖 7.本文總結(jié) 8.本篇所用...
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差異共表達網(wǎng)絡(luò)-Co-expression networks寫在前面，這篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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差異分析完的基因列表，可以這樣畫KEGG通路差異分析完以后黔宛，就有了基因列表和差異倍數(shù)近刘，有了這兩個東西，就可以用clusterprofiler做GSEA臀晃，然后有了pathview包的話觉渴，就可以可視化KEGG通路 怎么做G...
