全網(wǎng)同名
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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我們已經(jīng)進入一個嶄新的智能機器時代，在未來幾年內(nèi)音比，人工智能和機器人給世界帶來的影響將遠遠超過個人計算機和互聯(lián)網(wǎng)在過去的30年間已經(jīng)對世界造成的改變腔稀。是謙遜地生存，還是傲慢地死去幽勒？智能機器將成為我們的奴隸嗜侮，伙伴還是主人？
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利用泛基因組挖掘目標細菌的靶標基因-Roary,gbksplit和TBtools準備 1.基因組序列下載與注釋，使用prokka進行注釋干毅，獲得gff文件宜猜。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡書 (jianshu.com)[...
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MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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備忘琴锭！<br>備忘！<br>備忘嚼鹉！
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Eggnog-mapper（2.1.7）使用記錄文章僅是記錄自己的學習使用徽缚，有錯誤請指出憨奸，我立刻改正！ 官方說明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
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再冒昧的問一下凿试，這樣畫出的樹用的方法和步長是多少????
使用Snippy構(gòu)建細菌基因組SNP排宰、core SNP和系統(tǒng)進化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學的 Torsten Seemann[https://twitter....
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你好像請問一下可以用數(shù)據(jù)庫中的注釋文件作為參考基因組，然后將二代得到的不完全組裝的scaffold文件和數(shù)據(jù)庫中下載的結(jié)合三代測序完全組裝的基因文件作為輸入文件一塊call snp嗎那婉？然后再建樹板甘，
使用Snippy構(gòu)建細菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學的 Torsten Seemann[https://twitter....
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@大壞蛋HYB 謝謝分享
核心基因提认昃妗：prokka盐类、roary和TBtools的聯(lián)合運用
首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測序質(zhì)量夠好）在跳，先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行）枪萄，將gff文件放...
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請問一下這樣提取出來的基因序列是全是cds序列嗎？小白不太懂??
核心基因提扔脖稀：prokka呻引、roary和TBtools的聯(lián)合運用
首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行吐咳，只要確保測序質(zhì)量夠好）逻悠，先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...
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@大壞蛋HYB懂了韭脊， 謝謝童谒！
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋，自動按照輸入文件名去命名輸出文件沪羔，并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果饥伊，.gff...
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那如果批量prokka注釋時需要增加一個complaint參數(shù)，也是在第82行添加命令嗎蔫饰？
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋琅豆，自動按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果篓吁，.gff...
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@shenghuanjing 謝謝回復(fù)茫因！
使用Snippy構(gòu)建細菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學的 Torsten Seemann[https://twitter....
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您好杖剪，有點好奇通過core.full.aln文件輸入gubbins并最終得到的樹文件是全基因組SNP進化樹還是核心SNP進化樹冻押？我看官方文件里說core.full.aln是全基因組SNP比對文件，core.aln是fasta格式的核心SNP比對文件盛嘿，
使用Snippy構(gòu)建細菌基因組SNP洛巢、core SNP和系統(tǒng)進化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學的 Torsten Seemann[https://twitter....
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男稿茉，某西北高校博士在讀，摸魚專業(yè)戶芥炭。
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請問一下狈邑，為什么添加了環(huán)境變量，也更改了主文件ksnp3,為什么輸入命令還是報錯為未找到命令蚤认？謝謝
kSNP3尋找SNPs并構(gòu)建進化樹
1. kSNP3 安裝 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
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CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測方法：集錦規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細菌，古菌...
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受教了????
CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測方法：集錦
規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細菌糕伐，古菌...
