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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細分為六部分： 獲取每個基因?qū)淖铋L編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推...
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基因家族擴張收縮分析-提取基因?qū)淖铋L轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”盅粪，一切的一切都從深海熱液開始践付。從最初的單細胞生物到如今繁雜的世界，為了適應不斷變化的外界環(huán)境马昙，生物體需要不斷且緩慢地...
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基因家族擴張收縮分析-cafe結(jié)果可視化-cafe4cafe自帶的程序，只能單獨標注擴增或者收縮的基因家族數(shù)刹悴。手工標注又很麻煩行楞，所以我寫了一個R程序，雖然圖不夠精致土匀，不過基本解決問題子房。 cafe_...
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預測變異的效果基因組上有很多變異，不同變異的效果不同就轧。除了wet-lab证杭，現(xiàn)在也有很多軟件預測。接下來妒御，我打算用SIFT4G解愤、Polyphen-2、SnpEf...
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ANI隨著全基因組測序成本的不斷下降乎莉，細菌分類相關(guān)方法也從DNA-DNA hybridization（DDH）這類實驗性方法轉(zhuǎn)移到基于基因組序列的相似...
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multiple whole genome alignment寫在前面：在上億年的進化歷程中送讲，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變奸笤。從小的核苷酸突變、插入李茫、缺失到大的基因缺失揭保、重復、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移魄宏〗章拢基因組比...
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pdf轉(zhuǎn)換1. 自己的pdf放入PPT 為了更好地展示工作，我們常常需要將pdf放入ppt宠互。不同展示的需求不同味榛，我們需要去掉其中的文字，重新添加予跌。 如果直...
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tmux-os
參考鏈接：http://www.reibang.com/p/fd3bbdba9dc9 1. prefix 2. 配置文件 2.1. 內(nèi)容 2....
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構(gòu)建ncbi——nr本地庫網(wǎng)上方案都是用ncbi-blast+程序包的updata_blastdb.pl自動下載搏色，然而我下了兩天，一直斷···被逼無奈下券册，我只能用wget...