@云巔之上 聽起來沒什么問題
基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
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IP屬地：上海
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@踏水無痕 R語言
基因家族擴(kuò)張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”，一切的一切都從深海熱液開始。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界密浑，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境碉就，生物體需要不斷且緩慢地改變自己贫堰。46億年的演化坤按，基因...
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Bismark（0.22.3）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用弃衍，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出惊豺，我立刻改正燎孟！ 官方說明：https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
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@8afb6e8d9a86 是的。除非分步運(yùn)行尸昧，不過這樣很復(fù)雜
multiple whole genome alignment
寫在前面：在上億年的進(jìn)化歷程中揩页，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變烹俗、插入爆侣、缺失到大的基因缺失、重復(fù)幢妄、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移兔仰。基因組比對(duì)可以通過比對(duì)序列中的同源區(qū)域...
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提取最長轉(zhuǎn)錄本ID是用的R語言
基因家族擴(kuò)張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”蕉鸳，一切的一切都從深海熱液開始乎赴。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境潮尝，生物體需要不斷且緩慢地改變自己榕吼。46億年的演化，基因...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件勉失，無需安裝羹蚣，使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）乱凿； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”度宦，一切的一切都從深海熱液開始踢匣。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境戈抄，生物體需要不斷且緩慢地改變自己离唬。46億年的演化，基因...
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RCircos包的使用參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
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我寫了一個(gè)程序，你可以看看是否可以解決問題
http://www.reibang.com/p/df132ac7af0c?v=1675822184624基因家族分析 | 預(yù)測(cè)基因家族收縮與擴(kuò)張（orthofinder裸诽，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析-cafe結(jié)果可視化-cafe4cafe自帶的程序嫂用，只能單獨(dú)標(biāo)注擴(kuò)增或者收縮的基因家族數(shù)。手工標(biāo)注又很麻煩丈冬，所以我寫了一個(gè)R程序嘱函，雖然圖不夠精致，不過基本解決問題埂蕊。 cafe_node_filename: ...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴(kuò)張收縮分析中往弓，基于單個(gè)物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個(gè)祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況蓄氧，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時(shí)...
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比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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在線GO功能注釋分析
在線GO功能注釋分析——私人經(jīng)典總結(jié)三 原創(chuàng)生物醬生物醬2020-03-12 14:48 今天給大家介紹第三個(gè)GO在線分析網(wǎng)站：PANTHER 我感覺這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站，昵稱...
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【比較基因組】基因家族擴(kuò)張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測(cè)試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder堂氯，這個(gè)參考前面一個(gè)帖子蔑担。然后今天我們主要來測(cè)試CAFE。 安裝也比較簡單： 下載安裝包之后 https:...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換咽白，具有恒定的演化速率钟沛，因此兩個(gè)物種時(shí)間的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時(shí)間做一...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新局扶，文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上恨统，在網(wǎng)上搜了一圈，關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的三妈，這周就借此機(jī)會(huì)和大家一起來學(xué)...
