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發(fā)簡信
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Bismark（0.22.3）使用記錄 -
TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯(lián)重復序列的軟件拜银，無需安裝，使用簡單方便遭垛。 1. 重復序列分為串聯(lián)重復序列和散在重復序列（轉(zhuǎn)座子）尼桶； 串聯(lián)重復序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評估組裝質(zhì)量锯仪。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評估的軟件——QUAST和BUSCO泵督。 1.1 quast—...
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RCircos包的使用參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
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基因家族擴張收縮分析-cafe結(jié)果可視化-cafe4cafe自帶的程序，只能單獨標注擴增或者收縮的基因家族數(shù)庶喜。手工標注又很麻煩小腊，所以我寫了一個R程序，雖然圖不夠精致久窟，不過基本解決問題秩冈。 cafe_node_filename: ...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴張收縮分析中，基于單個物種的的擴張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集斥扛；但如果分析某個祖先節(jié)點的擴張收縮分析情況入问，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時...
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比較基因組學分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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在線GO功能注釋分析
在線GO功能注釋分析——私人經(jīng)典總結(jié)三 原創(chuàng)生物醬生物醬2020-03-12 14:48 今天給大家介紹第三個GO在線分析網(wǎng)站：PANTHER 我感覺這是一個神奇的網(wǎng)站，昵稱...
