今天推薦給大家一個(gè)R包WGCNA愕宋，針對(duì)我們的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析示弓。 簡單介紹：WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無尺度分布悲敷，并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣柿赊、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù)，然后計(jì)...
IP屬地：山東
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基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析-WGCNA
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R語言配色方案: Colors in R前言：巧妙的色彩搭配尖滚，能夠繪制出更具審美價(jià)值的圖片，令人耳目一新瞧柔。本文主要講解比較受歡迎的R包配色方案漆弄。 （一）：RColorBrewer 包 調(diào)色板有3種類型：連續(xù)型調(diào)色板...
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R語言ggplot2作圖的兩套配色方案備選第一個(gè) 在郵箱看到了蘋果的廣告郵件，這個(gè)HomePod mini是啥產(chǎn)品不太清楚造锅，音響嗎撼唾？這個(gè)不管了，啥產(chǎn)品自己也買不起 哈哈哈备绽，第一眼見到感覺配色確實(shí)很好看券坞，如果應(yīng)用到我們...
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方差分析為什么要檢驗(yàn)數(shù)據(jù)分布和方差齊次？
如果兩組數(shù)據(jù)肺素，我們僅僅比較他們的平均數(shù)有什么用呢恨锚？我們實(shí)際想做的是：這兩組數(shù)據(jù)所表達(dá)的意思相差有多遠(yuǎn)，這不僅僅包括平均數(shù)倍靡，但是我們能做的猴伶，分析的有限，所以我們要保證各組數(shù)據(jù)是...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下來我們要介紹的是 RNA-seq 數(shù)據(jù)的處理分析流程塌西，根據(jù) RNA-seq 測(cè)序技術(shù)的不同他挎，可以分為三種： short-read long-read direct ...
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對(duì)GWAS（genome-wide association study, 全基因組關(guān)聯(lián)分析）大家應(yīng)該比較...
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學(xué)習(xí)筆記| RNA-seq之biomart基因注釋biomart是一個(gè)R package，能夠完成基因注釋的工作捡需。在我得到差異表達(dá)基因之后办桨，可以直接使用該包直接注釋。 網(wǎng)絡(luò)上許多代碼已經(jīng)過時(shí)站辉，特此更新用法呢撞。 1 安裝 2 p...
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關(guān)于用R語言繪圖中文無法顯示問題
Mac版本的Rstudio在繪圖時(shí)經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)圖形中中文無法顯示的問題，通過總結(jié)了一些日常遇到的情況饰剥，分享一下我日常的解決辦法殊霞。主要針對(duì)以下兩種場(chǎng)景，有下列解決方法汰蓉。 第一種：...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)若厚，jimmy
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關(guān)注：生物統(tǒng)計(jì)肃晚，數(shù)量遺傳锚贱，混合線性模型，生物信息关串，R拧廊，Perl监徘，Python，GWAS吧碾，GS相關(guān)方法凰盔，文章及代碼<br>
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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計(jì)算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數(shù)（Fst）倦春，fst是由F統(tǒng)計(jì)量演變而來户敬，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量主要有三種（FIS，F(xiàn)IF睁本，F(xiàn)ST）尿庐。Fst...
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動(dòng)物枉疼、植物锐借、水產(chǎn)、林木等方向往衷，計(jì)算育種值钞翔、配合力、遺傳力席舍、遺傳相關(guān)等遺傳參數(shù)評(píng)估布轿。
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天汰扭，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析福铅，沒想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題萝毛。...
