今天推薦給大家一個(gè)R包WGCNA竟秫，針對(duì)我們的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析戏挡。 簡(jiǎn)單介紹：WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無(wú)尺度分布搂誉，并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù)，然后計(jì)...
IP屬地：新疆
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基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析-WGCNA
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R語(yǔ)言配色方案: Colors in R前言：巧妙的色彩搭配主之，能夠繪制出更具審美價(jià)值的圖片择吊，令人耳目一新。本文主要講解比較受歡迎的R包配色方案槽奕。 （一）：RColorBrewer 包 調(diào)色板有3種類型：連續(xù)型調(diào)色板...
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R語(yǔ)言ggplot2作圖的兩套配色方案?jìng)溥x第一個(gè) 在郵箱看到了蘋(píng)果的廣告郵件几睛，這個(gè)HomePod mini是啥產(chǎn)品不太清楚，音響嗎史翘？這個(gè)不管了枉长，啥產(chǎn)品自己也買(mǎi)不起 哈哈哈冀续，第一眼見(jiàn)到感覺(jué)配色確實(shí)很好看，如果應(yīng)用到我們...
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方差分析為什么要檢驗(yàn)數(shù)據(jù)分布和方差齊次必峰？
如果兩組數(shù)據(jù)洪唐，我們僅僅比較他們的平均數(shù)有什么用呢？我們實(shí)際想做的是：這兩組數(shù)據(jù)所表達(dá)的意思相差有多遠(yuǎn)吼蚁，這不僅僅包括平均數(shù)凭需，但是我們能做的，分析的有限肝匆，所以我們要保證各組數(shù)據(jù)是...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下來(lái)我們要介紹的是 RNA-seq 數(shù)據(jù)的處理分析流程粒蜈，根據(jù) RNA-seq 測(cè)序技術(shù)的不同，可以分為三種： short-read long-read direct ...
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對(duì)GWAS（genome-wide association study, 全基因組關(guān)聯(lián)分析）大家應(yīng)該比較...
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學(xué)習(xí)筆記| RNA-seq之biomart基因注釋biomart是一個(gè)R package旗国，能夠完成基因注釋的工作枯怖。在我得到差異表達(dá)基因之后，可以直接使用該包直接注釋能曾。 網(wǎng)絡(luò)上許多代碼已經(jīng)過(guò)時(shí)度硝，特此更新用法。 1 安裝 2 p...
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關(guān)于用R語(yǔ)言繪圖中文無(wú)法顯示問(wèn)題
Mac版本的Rstudio在繪圖時(shí)經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)圖形中中文無(wú)法顯示的問(wèn)題寿冕，通過(guò)總結(jié)了一些日常遇到的情況蕊程，分享一下我日常的解決辦法。主要針對(duì)以下兩種場(chǎng)景驼唱，有下列解決方法藻茂。 第一種：...
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生信技能樹(shù)京办，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)肖油，jimmy
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PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop<br>
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全基因組選擇的定義
定義基因組選擇的最基本思路：在基因組中存在大量遺傳標(biāo)記(SNP)森枪，影響性狀的所有基因都至少與一個(gè)標(biāo)記緊密連鎖。因此通過(guò)對(duì)所有標(biāo)記效應(yīng)的估計(jì)审孽，實(shí)現(xiàn)對(duì)全基因組所有基因效應(yīng)的估計(jì)县袱。...
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關(guān)注：生物統(tǒng)計(jì)式散，數(shù)量遺傳，混合線性模型打颤，生物信息暴拄，R漓滔，Perl，Python乖篷，GWAS响驴，GS相關(guān)方法，文章及代碼<br>
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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計(jì)算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種撕蔼，較為常見(jiàn)的就是遺傳分化指數(shù)（Fst）豁鲤，fst是由F統(tǒng)計(jì)量演變而來(lái)，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量主要有三種（FIS鲸沮，F(xiàn)IF琳骡，F(xiàn)ST）。Fst...
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動(dòng)物竖席、植物、水產(chǎn)敬肚、林木等方向，計(jì)算育種值束析、配合力艳馒、遺傳力、遺傳相關(guān)等遺傳參數(shù)評(píng)估员寇。
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天蝶锋，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列陆爽。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題扳缕。...
