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    2021-04-30 可變剪接與rMATS分析

    可變剪接(Alternative splicing):一個基因的外顯子以不同的組合方式剪接形成不同的成熟RNA,由此產(chǎn)生的不同的 mRNA 可能被翻譯成不同的蛋白質(zhì)構(gòu)體用爪,因此...

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    選擇性剪切分析軟件rMATS 4.1.2安裝

    rMATS是常用的選擇性剪切(alternative splicing)分析軟件粉渠。目前最新版是rMATS 4.1.2分冈,已經(jīng)可以通過conda安裝,步驟如下:第一步創(chuàng)建小環(huán)境r...

  • Conda工具使用

    1. 介紹 任何語言的包澡屡,依賴和環(huán)境管理:Python,R咐旧,Ruby驶鹉,Lua,Scala铣墨,Java室埋,Javascript,C / C ++伊约,F(xiàn)ORTRAN Conda是一個開...

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    RBP AS生信流程( 四)rMATs

    rMATs rMATs運行: 在rMATstest這個文件夾里有官網(wǎng)下載好的2x2測試文件: 用samtools查看bam文件: 可以看到第三列為1姚淆,代表1號染色體(這里是1...

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    DNA-RNA互作檢測技術(shù)

    作者:馬可菠蘿審稿:童蒙編輯:angelica 引言 隨著Hi-C技術(shù)的建立和發(fā)展,越來越多的技術(shù)可以用于DNA-DNA相互作用的研究屡律,類似的RNA-RNA相互作用檢測技術(shù)業(yè)...

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    qRT-PCR實驗及數(shù)據(jù)分析

    qRT-PCR實驗原理 RT-qPCR由普通PCR技術(shù)發(fā)展而來腌逢,它是在傳統(tǒng)PCR反應(yīng)體系中加入熒光化學(xué)物質(zhì)(熒光染料或者熒光探針),根據(jù)各自不同的發(fā)光機制實時檢測PCR退火超埋、...

  • NCBI的primer picker設(shè)計qRT-PCR染色法引物

    搜索基因的mRNA序列 選擇gene搏讶,搜索框中輸入基因名稱、human/其他物種霍殴,然后search注意選擇人類的基因窍蓝,點進(jìn)去 選擇mRNA 向下滑動到mRNA and pro...

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    R數(shù)據(jù)可視化17:桑基圖

    感覺100年沒有上簡書繁成,近2個月忙于畢業(yè)論文以及公眾號推文吓笙,沒有時間更文章。終于前幾天交了論文呢巾腕,可以回來更文了面睛。沒錯我只是在為我的懶惰尋找接口,今天我們來講一下勺鸢幔基圖(Sa...

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    R數(shù)據(jù)可視化1: 火山圖

    拖延癥讓我一直疲于整理qiime2的分析過程。而且手上暫時也沒有相應(yīng)的16S數(shù)據(jù)要分析常侣,所以打算整理整理R的畫圖腳本蜡饵。而且總是百度一些畫圖細(xì)節(jié)讓我“厭倦”了,覺得自己急需整理...

  • R語言中文社區(qū)歷史文章整理(作者篇)

    本文選取在R語言中文社區(qū)發(fā)文較多仆抵、較系統(tǒng)的作者整理而成,作者排名不分先后种冬。 陳丹奕: 知乎大神丹奕論道數(shù)據(jù)分析師自我修養(yǎng)之天龍八步 建模那點事兒——實戰(zhàn)篇 7個步驟镣丑,帶你從零...

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    RNA-seq 可變剪切

    可變剪切定義 有些基因的一個mRNA前體通過不同的剪接方式(選擇不同的剪接位點)產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體,這一過程稱為可變剪接(或選擇性剪接娱两, alternative s...

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    可變剪接

    什么是可變剪接莺匠? 可變剪接(Alternative Splicing,AS)是指從一個mRNA前體中通過不同的剪接方式(選擇不同的剪接位點組合)產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體的...

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