一衡查、前言 好久沒(méi)更新過(guò)文章啦泼疑，今天我們來(lái)聊一聊怎么找hubgene。 二、常見(jiàn)的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€(gè)疾病，通常會(huì)做一個(gè)疾病的正常和非常基因差異表達(dá)分析，...
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene） -
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【點(diǎn)】網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)匯總最近又做了一次這個(gè)東西康嘉，感覺(jué)意義確實(shí)不明顯砾莱，主要還是因?yàn)楝F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)的質(zhì)量不夠吧，但是在大范圍抓魚(yú)上面還是有點(diǎn)借鑒意義的凄鼻，就如同生信一般腊瑟，想做出亮點(diǎn)離不開(kāi)扎實(shí)的濕實(shí)驗(yàn)聚假，而且目前...
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R語(yǔ)言中的管道%>%
本文首發(fā)于我的個(gè)人博客[https://www.ikeguang.com/?p=1783] ％>％來(lái)自dplyr包的管道函數(shù)，我們可以將其理解為車(chē)間里的流水線闰非，經(jīng)過(guò)前一步加工...
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R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn) | 新老福利~解放雙手的rstudio快捷鍵
"R實(shí)戰(zhàn)"專(zhuān)題·第5篇 編輯 | 科白君 本期推送內(nèi)容 學(xué)習(xí)方法一定是在學(xué)習(xí)過(guò)程中占最主要的膘格。最近學(xué)了一些新的小技能，掌握了不少rstudio軟件中高效率的快捷鍵财松。我認(rèn)為瘪贱，這...
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【點(diǎn)】p value、FDR辆毡、q value
假設(shè)檢驗(yàn)： 一般步驟： 1.設(shè)定假設(shè)后需要驗(yàn)證：假設(shè)0一般都是“處理組和對(duì)照組無(wú)區(qū)別” 2.構(gòu)建檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計(jì)算統(tǒng)計(jì)量和檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 3.設(shè)定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)...
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【點(diǎn)】count菜秦、RPM、RPKM舶掖、FPKM球昨、TPM
為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化 標(biāo)準(zhǔn)化的主要目的是去除測(cè)序數(shù)據(jù)的技術(shù)偏差：測(cè)序深度和基因長(zhǎng)度。 #測(cè)序深度：一個(gè)片段測(cè)了幾遍 #測(cè)序覆蓋度：測(cè)序片段匹配到目標(biāo)區(qū)域的百分比 測(cè)序深度：測(cè)序深...
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【點(diǎn)】模型選擇標(biāo)準(zhǔn)：AIC與BIC
數(shù)據(jù)少眨攘，模型復(fù)雜主慰，過(guò)擬合 數(shù)據(jù)多，訓(xùn)練得好鲫售，過(guò)擬合 需要標(biāo)準(zhǔn)來(lái)平衡共螺，除了常見(jiàn)的正則化，還有其他標(biāo)準(zhǔn)情竹。 1藐不、赤池信息準(zhǔn)則（Akaike Information Criterio...
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【點(diǎn)】RR、OR秦效、HR
RR(relative risk)：相對(duì)危險(xiǎn)度雏蛮，適用于隊(duì)列研究（真實(shí)世界追蹤研究），先選擇人群棉安，后觀察結(jié)果底扳。反映的是不同處理的危險(xiǎn)率之比铸抑。 OR(odds ratio)：優(yōu)勢(shì)...
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【塊】Gene id格式轉(zhuǎn)換的多種方法
本文將逐步增加各種方法贡耽，有時(shí)間再研究各個(gè)方法的區(qū)別。每個(gè)人在轉(zhuǎn)換id格式時(shí)鹊汛，可能會(huì)遇到很多與以下流程不同的情況蒲赂。比如說(shuō)gene id有小版本、去重后數(shù)據(jù)大量丟失等等刁憋，建議具體...
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【塊】Cibersort.R計(jì)算22種免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分?jǐn)?shù)綜合簡(jiǎn)書(shū)作者們的文章以及自己操作滥嘴，綜合整理如下，以備后面使用至耻。有問(wèn)題歡迎交流Robust enumeration of cell subsets from tissue ex...
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【書(shū)】《Advanced R》R數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)先看文字理解若皱，圖在最后 1镊叁、結(jié)構(gòu) R的基本數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是向量（vector），向量又有兩種：atomic vector 和 list（后面簡(jiǎn)稱(chēng)vector為向量走触，atomic v...
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【包】SummarizedExperimentSummarizedExperiment類(lèi) 該類(lèi)常被用來(lái)儲(chǔ)存表達(dá)矩陣，比如TCGAbiolinks下載的TCGA表達(dá)矩陣互广。該類(lèi)數(shù)據(jù)將原始信息（metadata）和表達(dá)矩陣（a...
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【點(diǎn)】理解基因芯片有很多芯片但是基本原理都類(lèi)似敛腌，具體有哪些種類(lèi)可以去查一下維基百科（關(guān)鍵詞：microarray） 1、基因芯片基本結(jié)構(gòu) 芯片由probe set為基本單位惫皱，多個(gè)probe s...
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【包】arrayQualityMetrics
該包僅用一個(gè)函數(shù)生成一個(gè)對(duì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)的HTML文件主要支持Affymetrix像樊、Illumina芯片，其他芯片可以轉(zhuǎn)換為one or two colour arr...
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【點(diǎn)】dist旅敷、hclust與cutree函數(shù)畫(huà)熱圖會(huì)涉及到的幾個(gè)小函數(shù) dist() 使用特定的distance計(jì)算方法計(jì)算行與行之間的距離生棍。可使用的distance計(jì)算方法："euclidean"扫皱、"maximum"...
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【個(gè)人】階段總結(jié)2021.8.11
這段時(shí)間比較忙足绅，做的事情也沒(méi)有明顯的產(chǎn)出。正如我前面幾年的很多時(shí)間一樣韩脑，收獲十分零散∏饴瑁現(xiàn)在對(duì)于這種情況的認(rèn)識(shí)主要有：1）有問(wèn)題在面前卻不知道問(wèn)題是什么；2）沒(méi)有及時(shí)反思記錄段多；...
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帶你走入生信學(xué)習(xí)之路——生信入門(mén)
本文全部都是個(gè)人經(jīng)驗(yàn)首量、個(gè)人觀點(diǎn) 階段一：進(jìn)入學(xué)習(xí)狀態(tài) 學(xué)姐和我說(shuō)過(guò)這么一句話(huà)：做項(xiàng)目最簡(jiǎn)單的是學(xué)習(xí)，難在設(shè)備和技術(shù)进苍，說(shuō)白了就是資源 進(jìn)入一個(gè)新的領(lǐng)域最簡(jiǎn)單就是兩步走：讀兩本書(shū)...
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geom_bar()函數(shù)繪制條形圖
使用geom_bar()函數(shù)繪制條形圖加缘，條形圖的高度通常表示兩種情況之一：每組中的數(shù)據(jù)的個(gè)數(shù)，或數(shù)據(jù)框中列的值觉啊，高度表示的含義是由geom_bar()函數(shù)的參數(shù)stat決定的...
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R繪圖_ggplot2繪制Error barError bar 本教程介紹了如何使用R軟件和ggplot2軟件包創(chuàng)建帶有誤差線的圖形拣宏。 1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 統(tǒng)計(jì)函數(shù)代碼 或者使用Rmisc包統(tǒng)計(jì)函數(shù) 2. 帶誤差條的條形圖...
