公眾號：誤入BioInfor的大黃鴨
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10X空間轉(zhuǎn)錄組軌跡分析之SPATA大家好打却，這一次我們來分享一下有關(guān)做10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件SPATA倡鲸，其實關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組做軌跡分析的文章之前分享過一個搔啊，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析[https:...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析我們做過單細胞的童鞋們來說简逮，軌跡分析并不陌生趁啸，然而如果將單細胞的軌跡分析結(jié)果運用到空間轉(zhuǎn)錄組上舶斧，就可以幫助我們了解到細胞隨著時間進行的過程中欣鳖，細胞位置的遷移。其中最常用的方式...
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時空軌跡分析導(dǎo)論作者茴厉，追風(fēng)少年i 時間很快泽台，轉(zhuǎn)眼就周四了，怎能因昨天的苦難而選擇停留矾缓。 今天我們來分享一下關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析問題怀酷。 在最開始，空間轉(zhuǎn)錄組分析還不是那么成熟的時候嗜闻，對空間...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間細胞密度hello蜕依，大家好，今天禮拜天琉雳，天津霧霾嚴(yán)重样眠，呆在家里學(xué)習(xí)一下吧。今天給大家分享的是空間轉(zhuǎn)錄組的空間細胞密度的分析翠肘，這個分析非常重要檐束，下面是一張展示圖。 大家應(yīng)該都有基本的常...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析梳理hello锯茄，周四了厢塘，時間怎么過的這么快呢茶没？？我的記憶還停留在剛過完年拔充電線的那一刻晚碾，時間啊抓半，慢些吧，想靜靜的感受一下生活的美好格嘁，雖然生活總是打擊我們笛求，但我們還是要擁抱生活，...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組分析之空間模式與共定位hello糕簿，大家好探入，又是周五，一周又將過去了懂诗，時間總是匆匆蜂嗽，片刻不停留，我們唯一能做的殃恒，就是在時間流逝的過程中植旧，留下點印記，雖然我們窮离唐，找不下對象病附，但是過的開心也是成功~~~...
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超全總結(jié)--單細胞+空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析方法總結(jié)這一篇我們做一個詳細的總結(jié)，周五了亥鬓，疫情還沒結(jié)束完沪，父母也都老了，有時候真的感覺身為兒子實在不孝嵌戈，常年在外覆积，回家很少，家里有點事父母也不會跟我這個兒子說咕别，小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析方法論hello技健，又是一周写穴，周二了惰拱，最近事情很多，所以祝大家生活快樂啊送，我們來繼續(xù)看一下10X單細胞空間聯(lián)合分析的內(nèi)容偿短，參考文獻在Benchmarking spatial and s...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的注釋流派作者，追風(fēng)少年i~ 高考第二天馋没，去看了一下在今天高考的數(shù)學(xué)卷子昔逗，驚奇的發(fā)現(xiàn)最后的壓軸題自己還會做，?? 篷朵，大家不妨試一試勾怒，題在下面 以前學(xué)數(shù)學(xué)的時候總是覺得生活中根本用不到婆排，買...
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時空通訊分析導(dǎo)論作者，追風(fēng)少年i~ 時間已經(jīng)來到了2022年的下半頁笔链，單細胞空間的研究仍然在如火如荼地進行中段只，從上游的儀器制造，試劑研發(fā)鉴扫，再到下游的數(shù)據(jù)分析赞枕，國內(nèi)外都展開了激烈的競爭，足以說...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細胞的空間依賴性作者坪创，追風(fēng)少年i hello炕婶，大家好，周五了莱预，馬上大家就可以過一個美好的禮拜天了柠掂，不過現(xiàn)在還是工作的時間，今天分享一個分析細胞類型空間依賴性的代碼依沮，分析的結(jié)果如下圖所示： 談...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)推斷基因拷貝數(shù)畸變（copy number aberrations）CNA在空間轉(zhuǎn)錄組之前陪踩，我們可以利用單細胞數(shù)據(jù)進行推斷CNA，用到的軟件就是inferCNV悉抵，至于inferCNV的原理肩狂，我們這里就不詳細敘說了，大家可以看文章InferCNV: ...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之CNV事件的spatial landscapehello姥饰，大家好傻谁，今天我們來分享一個新的內(nèi)容，CNV事件的空間圖譜列粪，其中關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組進行CNV事件分析的內(nèi)容审磁，之前都分享過，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之思路總結(jié)...
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時空CNV分析導(dǎo)論作者岂座，追風(fēng)少年i~~ hello态蒂，周四了，已經(jīng)7月下旬了费什，有些難道真的是命中注定钾恢？？再怎么努力也沒用鸳址？瘩蚪？ 最近有人問我為什么開始收費了，我真的是被別人抄襲害怕了稿黍，沒辦法疹瘦，被老...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）腫瘤數(shù)據(jù)分析之腫瘤進化樹作者，追風(fēng)少年i hello巡球，大家好言沐，新的一周邓嘹，新的開始，腦海里浮現(xiàn)周星馳的一句臺詞险胰，只有越來越強大吴超，才能越來越童話。 今天我們簡單來學(xué)習(xí)一個簡單的內(nèi)容鸯乃，腫瘤進化樹鲸阻，先看示例...
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利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示良性和惡性組織中的細胞拷貝數(shù)變異作者，Evil_Genius 隔離的第三天缨睡，真的是讓人無語鸟悴，沒事非要隔離干什么。 今天我們繼續(xù)回顧有關(guān)空間CNV的分析奖年，CNV的分析我寫了很多细诸，包括原理，方法與可視化陋守，列在下...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻思路簡單分析作者震贵，追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多水评，不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星猩系，皎皎河漢女。纖纖擢素手中燥，札札弄機杼寇甸。終日不成章，泣涕零如雨疗涉。河漢清且淺拿霉，相去...
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不想上課，進群找你玩兒可以嗎咱扣，學(xué)習(xí)學(xué)的頭禿??
空間轉(zhuǎn)錄組課表
經(jīng)過上次課绽淘，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)人還是需要帶著跑一跑代碼和講解代碼分析過程的注意事項，吸取上次的教訓(xùn)闹伪，空轉(zhuǎn)課表沪铭，對課程進行細化，帶大家分析空間轉(zhuǎn)錄組和分析代碼祭往，以及代碼過程中的注意事項...
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細胞注釋之marker列表
最近一段時間更新的少伦意，是因為自己搜集經(jīng)典marker的工作接近尾聲了火窒，所以花了比較長的時間整理和總結(jié)硼补，我自己拿了幾個數(shù)據(jù)測試了一下，基本上效果不錯熏矿，用搜集到的marker配合...