IP屬地：北京
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正確使用GIAB基準變異集合評估生信流程準確性前面我們介紹了GIAB中的標準數(shù)據(jù)集，包括了7個標準品的數(shù)據(jù)，分別是HG001（即NA12878），一個德系猶太人家系（HG002/HG003/...
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修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作熱圖使用conda安裝hicexplorer時經(jīng)常會報錯，下面介紹mamba安裝方法；同時，hicPlotMatrix繪制的熱圖沒有添加染色體邊界贱纠，...
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Linux查看或設(shè)置R/python/perl包、模塊或庫的安裝路徑
為了方便說明响蕴，下面統(tǒng)一將包谆焊、模塊或庫稱之為模塊。Linux通常涉及多用戶使用浦夷，當我們沒有root權(quán)限時辖试，模塊通常會安裝在自己的目錄下辜王，或者一個用...
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ggplot2定制坐標軸
本文主要介紹如何通過調(diào)整ggplot2中的參數(shù)，來實現(xiàn)坐標軸的定制化剃执，來達到個性化繪圖的需求。文中axis tick marks指的是坐標軸線上...
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recos軟件繪制不同類型TE在染色體的分布熱圖1懈息、前期準備 第一步, 獲取repeat注釋結(jié)果肾档，使用RepeatMasker對基因組進行repeat分析，可以得到以out結(jié)尾的文件辫继，命令行如...
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recos軟件使用手冊1. 開發(fā)背景 隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展怒见，尤其是三代測序技術(shù)的出現(xiàn)，例如PacBio和Nanopore姑宽，它們可以產(chǎn)出更長遣耍、更準確的測序數(shù)據(jù)，這使得...
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recos軟件繪制突變密度在染色體上的分布圖1. recos還可以這么玩 recos開發(fā)之初是為了展現(xiàn)同源染色體之間的共線性關(guān)系炮车、序列結(jié)構(gòu)差異和兩個基因的各自特性舵变，繪制出一個高質(zhì)量可以放在...
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MAS-seq技術(shù)原理（PacBio)1. 技術(shù)產(chǎn)生背景 PacBio構(gòu)建這種文庫的一個主要原因是，在其測序芯片中有很多零模波導(dǎo)孔（ZMW）瘦穆，每個孔在測序時只能測一條DNA分子纪隙，這樣...
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recos基因組及共線性可視化簡介 這篇簡文主要介紹一下recos軟件的安裝，以及該軟件可以繪制什么樣的基因組共線性圖扛或。與circos類似绵咱，它可以將基因組之間的共線性和基因組...