Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類的速度非常快腻扇，且隨序列量線性增長(zhǎng)（2024.03.12...
IP屬地：北京
-
宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 -
R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（進(jìn)階）上次已經(jīng)介紹過了使用R繪制系統(tǒng)發(fā)育樹的基本用法[http://www.reibang.com/p/b6c4d3376bc9]假勿，也埋下一個(gè)小坑：復(fù)現(xiàn)文章里好看的樹原探，現(xiàn)在過來填...
-
正確使用GIAB基準(zhǔn)變異集合評(píng)估生信流程準(zhǔn)確性前面我們介紹了GIAB中的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集誊役，包括了7個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品的數(shù)據(jù)倍试，分別是HG001（即NA12878）穷娱，一個(gè)德系猶太人家系（HG002/HG003/HG004）和一個(gè)中國(guó)漢族人家...
-
修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作熱圖使用conda安裝hicexplorer時(shí)經(jīng)常會(huì)報(bào)錯(cuò)绑蔫，下面介紹mamba安裝方法；同時(shí)泵额，hicPlotMatrix繪制的熱圖沒有添加染色體邊界配深，并且圖例太大，下面介紹了源代碼...
-
Linux查看或設(shè)置R/python/perl包嫁盲、模塊或庫(kù)的安裝路徑
為了方便說明篓叶，下面統(tǒng)一將包、模塊或庫(kù)稱之為模塊。Linux通常涉及多用戶使用缸托，當(dāng)我們沒有root權(quán)限時(shí)左敌，模塊通常會(huì)安裝在自己的目錄下，或者一個(gè)用戶想調(diào)用其他用戶的模塊時(shí)俐镐，都需...
-
ggplot2定制坐標(biāo)軸
本文主要介紹如何通過調(diào)整ggplot2中的參數(shù)矫限，來實(shí)現(xiàn)坐標(biāo)軸的定制化，來達(dá)到個(gè)性化繪圖的需求佩抹。文中axis tick marks指的是坐標(biāo)軸線上的刻度叼风，axis labels...
-
recos軟件繪制不同類型TE在染色體的分布熱圖1、前期準(zhǔn)備 第一步, 獲取repeat注釋結(jié)果匹摇，使用RepeatMasker對(duì)基因組進(jìn)行repeat分析咬扇，可以得到以out結(jié)尾的文件甲葬，命令行如下： 第二步廊勃，獲取關(guān)心TE類型...
-
recos軟件使用手冊(cè)1. 開發(fā)背景 隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，尤其是三代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)经窖，例如PacBio和Nanopore坡垫，它們可以產(chǎn)出更長(zhǎng)、更準(zhǔn)確的測(cè)序數(shù)據(jù)画侣，這使得原本有基因組的物種使用新技術(shù)可...
-
recos軟件繪制突變密度在染色體上的分布圖1. recos還可以這么玩 recos開發(fā)之初是為了展現(xiàn)同源染色體之間的共線性關(guān)系冰悠、序列結(jié)構(gòu)差異和兩個(gè)基因的各自特性，繪制出一個(gè)高質(zhì)量可以放在文章中的圖片配乱。除了展示兩個(gè)基因...
-
MAS-seq技術(shù)原理（PacBio)1. 技術(shù)產(chǎn)生背景 PacBio構(gòu)建這種文庫(kù)的一個(gè)主要原因是溉卓，在其測(cè)序芯片中有很多零模波導(dǎo)孔（ZMW），每個(gè)孔在測(cè)序時(shí)只能測(cè)一條DNA分子搬泥，這樣其測(cè)序通量就受到孔數(shù)和文庫(kù)長(zhǎng)度...
-
recos基因組及共線性可視化簡(jiǎn)介 這篇簡(jiǎn)文主要介紹一下recos軟件的安裝桑寨，以及該軟件可以繪制什么樣的基因組共線性圖。與circos類似忿檩，它可以將基因組之間的共線性和基因組的相關(guān)特性展示到圖中尉尾，不同的是...
-
如果你是程序員沙咏，或者有一顆喜歡寫程序的心，喜歡分享技術(shù)干貨班套、項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)肢藐、程序員日常囧事等等，歡迎投稿《程序員》專題吱韭。 專題主編：小彤花園 http://www.reibang.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序員】專題拒稿指北：http://www.reibang.com/p/7c8b33b5f63b 投稿須知： 1.收錄相關(guān)技術(shù)文章窖壕，但不限于技術(shù)，也可以是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)類的文章和程序員日常。 2.文章內(nèi)不得有任何推廣信息瞻讽。包括但不限于公眾號(hào)鸳吸、微博、微信速勇，更不得在通過投稿后再修改文章加入推廣信息晌砾。你可以將這些推廣以及個(gè)人信息放在個(gè)人主頁(yè)介紹里。 3.字?jǐn)?shù)極少烦磁，段落混亂养匈，大段代碼沒有放到代碼框的文章不收錄 4.不相關(guān)的內(nèi)容不收錄，請(qǐng)確認(rèn)文章內(nèi)容和本專題相關(guān) 目前針對(duì)優(yōu)質(zhì)作者及愛好者都伪，開設(shè)了官方程序員微信群呕乎，希望加入請(qǐng)發(fā)簡(jiǎn)信給主編小彤花園索取個(gè)人微信，主編會(huì)將你加入到【程序員】微信群陨晶，分享內(nèi)容猬仁，收獲知識(shí)。添加微信時(shí)備注昵稱先誉。
