@周運(yùn)來就是我 max_components這個(gè)維度改為3之后阿浓，是變成三維了嗎迎吵？可我看命令說明的時(shí)候這個(gè)參數(shù)直接就被定義成了2
scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析桐磁，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析秋柄，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
@堯小飛 調(diào)整PCA數(shù)目不是在seurat中改變了分群嗎，這個(gè)怎么會(huì)影響到擬時(shí)？order基因我在自己選擇后沒有什么變化姚淆，不知道怎么調(diào)整了
Monocle擬時(shí)間分析隨筆輸入文件導(dǎo)入方法 Monocle擬時(shí)間導(dǎo)入數(shù)據(jù)方式有兩種，一種是通過導(dǎo)入Seurat對象屡律，一種是導(dǎo)入cellranger輸出的表達(dá)矩陣（三個(gè)文件barcodes.tsv g...
@周運(yùn)來就是我 調(diào)整ordering gene 嗎腌逢，維度怎么調(diào)整，這個(gè)我不太明白超埋，還請賜教
scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析搏讶，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析佳鳖，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
樓主媒惕，請問為什么明明在發(fā)育上有明確前后關(guān)系的細(xì)胞群系吩，做出的擬時(shí)軌跡不是一條線，而是會(huì)有一個(gè)分支妒蔚，怎么才能將這個(gè)分支給去掉穿挨？
scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析面睛，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程絮蒿，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
monocle2可以做出沒有分支點(diǎn)的擬時(shí)軌跡嗎，要怎么做
Monocle擬時(shí)間分析隨筆輸入文件導(dǎo)入方法 Monocle擬時(shí)間導(dǎo)入數(shù)據(jù)方式有兩種叁鉴，一種是通過導(dǎo)入Seurat對象，一種是導(dǎo)入cellranger輸出的表達(dá)矩陣（三個(gè)文件barcodes.tsv g...
要求R與python安裝在一個(gè)目錄下嗎
reticulate: R interface to Python作者：JJ Allaire 翻譯：黃小偉佛寿，先后從事游戲幌墓、社交及金融數(shù)據(jù)研究及應(yīng)用相關(guān)工作，目前就職網(wǎng)易杭州 一. 基礎(chǔ)介紹 CRAN已于2018年3月21日收錄reticul...
現(xiàn)在ｍｏｎｏｃｌｅ是不是不支持從ｓｅｕｒａｔ〉妗Ｖ３導(dǎo)入數(shù)據(jù)了
實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性胳施，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
在做兩個(gè)完全不同細(xì)胞樣品的聚類分析時(shí)肢专，為什么也會(huì)被聚在一起舞肆，成為一個(gè)CLUSTER
實(shí)驗(yàn)記錄3：用R包Seurat進(jìn)行QC、PCA分析與t-SNE聚類版本信息： Seurat v2.0不是3.0博杖！現(xiàn)在Seurat更新了3.0版本椿胯，下載也是默認(rèn)的3.0，這篇記錄只適用于用2.0的剃根。 梗概 將Cellranger中的基因表達(dá)矩...
RAIR是啥啊
PAIR陪伴的圓夢留學(xué)旅程（不是軟文哩盲，真實(shí)經(jīng)歷） 萬萬沒想到，在踏入PAIR的辦公室那一天狈醉，竟然是將我人生軌跡扭轉(zhuǎn)的開始廉油。 我是一名來自中山大學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)中等生，攻讀生物技術(shù)專業(yè)苗傅，GPA在三等獎(jiǎng)邊緣來回試...
請問一下：genes.use <- intersect(genes.use, rownames(LBZ_N_5_RNA@scale.data))
這一步報(bào)錯(cuò)抒线，說找不到LBZ_N_5_RNA？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--再說Seurat上期我們講了使用Seurat分析單個(gè)樣本金吗，那么2個(gè)或多個(gè)樣本的分析會(huì)有哪些不同呢十兢？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個(gè)重要的問題就在于批次效應(yīng)趣竣，任何一個(gè)試驗(yàn)步驟都容易帶來批次效應(yīng)，多個(gè)樣本...
可以在tSNE圖上，以細(xì)胞來源分類嗎宵呛？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時(shí)代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后单匣，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時(shí)宝穗，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了户秤。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
@MC學(xué)公衛(wèi) 收多個(gè)時(shí)間的樣品晋控，我希望能做出按時(shí)間分類的tSNE圖汞窗，但現(xiàn)在我只能做出來按cluster分類的圖
實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗赡译、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
大神仲吏，怎么給每個(gè)細(xì)胞追加時(shí)間標(biāo)記呢
實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗蝌焚、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
