240 發(fā)簡信
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  • @周運來就是我 max_components這個維度改為3之后，是變成三維了嗎？可我看命令說明的時候這個參數(shù)直接就被定義成了2

    scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程

    擬時（pseudotime）分析卧惜，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析泵琳，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程腺劣，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...

  • @堯小飛 調(diào)整PCA數(shù)目不是在seurat中改變了分群嗎旬蟋，這個怎么會影響到擬時灯变？order基因我在自己選擇后沒有什么變化扣猫，不知道怎么調(diào)整了

    Monocle擬時間分析隨筆

    輸入文件導入方法 Monocle擬時間導入數(shù)據(jù)方式有兩種菜循，一種是通過導入Seurat對象，一種是導入cellranger輸出的表達矩陣（三個文件barcodes.tsv g...

  • @周運來就是我 調(diào)整ordering gene 嗎申尤，維度怎么調(diào)整癌幕，這個我不太明白，還請賜教

    scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程

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  • 樓主时鸵，請問為什么明明在發(fā)育上有明確前后關(guān)系的細胞群胶逢，做出的擬時軌跡不是一條線，而是會有一個分支饰潜，怎么才能將這個分支給去掉初坠？

    scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程

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  • monocle2可以做出沒有分支點的擬時軌跡嗎，要怎么做

    Monocle擬時間分析隨筆

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  • 要求R與python安裝在一個目錄下嗎

    reticulate: R interface to Python

    作者：JJ Allaire 翻譯：黃小偉爽柒，先后從事游戲、社交及金融數(shù)據(jù)研究及應(yīng)用相關(guān)工作者填，目前就職網(wǎng)易杭州 一. 基礎(chǔ)介紹 CRAN已于2018年3月21日收錄reticul...

  • 現(xiàn)在ｍｏｎｏｃｌｅ是不是不支持從ｓｅｕｒａｔ⊙鳌Ｖ３導入數(shù)據(jù)了

    實驗記錄10: 用Monocle進行偽時間分析

    概要 本文主要討論Seurat對象導入到Monocle中直接進行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗重挑、標準化和聚類的Seurat對象導入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...

  • 在做兩個完全不同細胞樣品的聚類分析時嗓化，為什么也會被聚在一起，成為一個CLUSTER

    實驗記錄3：用R包Seurat進行QC谬哀、PCA分析與t-SNE聚類

    版本信息： Seurat v2.0不是3.0刺覆！現(xiàn)在Seurat更新了3.0版本，下載也是默認的3.0史煎，這篇記錄只適用于用2.0的谦屑。 梗概 將Cellranger中的基因表達矩...

  • RAIR是啥啊

    PAIR陪伴的圓夢留學旅程

    （不是軟文，真實經(jīng)歷） 萬萬沒想到篇梭，在踏入PAIR的辦公室那一天氢橙，竟然是將我人生軌跡扭轉(zhuǎn)的開始。 我是一名來自中山大學的標準中等生恬偷，攻讀生物技術(shù)專業(yè)悍手，GPA在三等獎邊緣來回試...

  • 請問一下：genes.use <- intersect(genes.use, rownames(LBZ_N_5_RNA@scale.data))
    這一步報錯，說找不到LBZ_N_5_RNA袍患？

    單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--再說Seurat

    上期我們講了使用Seurat分析單個樣本坦康，那么2個或多個樣本的分析會有哪些不同呢？單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個重要的問題就在于批次效應(yīng)诡延，任何一個試驗步驟都容易帶來批次效應(yīng)滞欠，多個樣本...

  • 可以在tSNE圖上筛璧，以細胞來源分類嗎？

    單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat

    單細胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后惹恃，連車尾燈都看不見夭谤。當你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細胞了座舍。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序沮翔，顧...

  • @MC學公衛(wèi) 收多個時間的樣品，我希望能做出按時間分類的tSNE圖亥鸠，但現(xiàn)在我只能做出來按cluster分類的圖

    實驗記錄10: 用Monocle進行偽時間分析

    概要 本文主要討論Seurat對象導入到Monocle中直接進行分析的可行性妆够，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標準化和聚類的Seurat對象導入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...

  • 大神负蚊，怎么給每個細胞追加時間標記呢

    實驗記錄10: 用Monocle進行偽時間分析

    概要 本文主要討論Seurat對象導入到Monocle中直接進行分析的可行性神妹，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標準化和聚類的Seurat對象導入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...

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