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karyoploteR: 畫(huà)一個(gè)測(cè)序深度分布圖??測(cè)序深度的分布圖是很常見(jiàn)的一類圖匈仗，可用于發(fā)現(xiàn)染色體片段或整條染色體的缺失或是重復(fù)漩仙。如果是缺失辣辫，測(cè)序時(shí)捕獲的概率就小蔫骂，最終比對(duì)呈現(xiàn)出來(lái)的就是有一段區(qū)域深度明顯偏低；如果是重...
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Python有趣|尋找知乎最美小姐姐前言 本月將更新八篇Python有趣系列文章。本系列通過(guò)多個(gè)有趣案例杂拨，講解Python的玩法专普，其中包含如下內(nèi)容，一一推進(jìn)講解弹沽。 爬蟲(chóng) 數(shù)據(jù)分析 機(jī)器學(xué)習(xí) 項(xiàng)目背景 最近知乎老...
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羅攀，林學(xué)的研究僧<br>《從零開(kāi)始學(xué)Python網(wǎng)絡(luò)爬蟲(chóng)》<br>《從零開(kāi)始學(xué)Python數(shù)據(jù)分析》作者<br>Python中文社區(qū)炸渡、Python愛(ài)好者社區(qū)專欄作者<br>個(gè)人微信公眾號(hào)：羅羅攀娜亿，以后文章會(huì)在公眾號(hào)首發(fā)，一起學(xué)習(xí)打卡Python
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細(xì)過(guò)程
RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版[http://www.reibang.com/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://www.ncbi.nlm.ni...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開(kāi), https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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機(jī)器學(xué)習(xí)之邏輯回歸(純python實(shí)現(xiàn))logistic回歸是一種廣義的線性回歸蚌堵，通過(guò)構(gòu)造回歸函數(shù)买决，利用機(jī)器學(xué)習(xí)來(lái)實(shí)現(xiàn)分類或者預(yù)測(cè)。 原理 上一文簡(jiǎn)單介紹了線性回歸吼畏，與邏輯回歸的原理是類似的督赤。 預(yù)測(cè)函數(shù)(h)。該函...
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python完整實(shí)現(xiàn)邏輯回歸數(shù)據(jù)我們將建立一個(gè)邏輯回歸模型來(lái)預(yù)測(cè)一個(gè)學(xué)生是否被大學(xué)錄取泻蚊。假設(shè)你是一個(gè)大學(xué)系的管理員躲舌，你想根據(jù)兩次考試的結(jié)果來(lái)決定每個(gè)申請(qǐng)人的錄取機(jī)會(huì)。你有以前的申請(qǐng)人的歷史數(shù)據(jù)性雄，你可以用...
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Pfam-[The Pfam protein families database in 2019]今年P(guān)fam數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)文稱：過(guò)去幾年没卸，Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)生了重大變化！ 細(xì)看了一下毅贮，果真變化重大办悟！ 嚇得我趕緊過(guò)來(lái)把筆記更新了~~ * 32.0版的Pfam更新了些什么 尘奏？（31...
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宏基因組組裝：從what 到how宏基因組分析教程microPITA | 宏基因組測(cè)序前滩褥，你可以這樣篩選樣本 microPITA 加拿大安大略研究所建立的生物信息網(wǎng) 1. 什么是 組裝？ 基因組測(cè)序時(shí)將測(cè)得的...
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使用cd-hit對(duì)蛋白質(zhì)或核酸序列進(jìn)行聚類
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白質(zhì)序列或核酸序列聚類的工具炫加，根據(jù)序列的相似度對(duì)序列進(jìn)行聚類以去除冗余的序列瑰煎，一般用于構(gòu)建非冗余...
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利用fastqc檢測(cè)原始序列的質(zhì)量FastQC是一款基于Java的軟件，一般都是在linux環(huán)境下使用命令行運(yùn)行俗孝，它可以快速多線程地對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估（Quality Control）酒甸，其官網(wǎng)地址為：Ba...
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16S從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會(huì)對(duì)遇到的問(wèn)題進(jìn)行解答，圖表部分也做了比較詳細(xì)的說(shuō)明赋铝，對(duì)初學(xué)者比較友好插勤，當(dāng)然知道實(shí)驗(yàn)部分會(huì)讓你對(duì)數(shù)據(jù)如何得來(lái)的有一個(gè)整體的把握，知其然而知其所以然革骨，分析和解釋數(shù)據(jù)起來(lái)會(huì)更...
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Python 基本操作- 數(shù)據(jù)選取loc农尖、iloc、ix函數(shù)
loc中的數(shù)據(jù)是列名良哲，是字符串盛卡，所以前后都要取筑凫；iloc中數(shù)據(jù)是int整型滑沧，所以是Python默認(rèn)的前閉后開(kāi) 一并村、loc函數(shù) 構(gòu)建數(shù)據(jù)集df loc函數(shù)主要通過(guò)行標(biāo)簽索引行數(shù)...
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【PCA-1】主成分分析
歡迎關(guān)注公眾號(hào)：oddxix 主成分分析簡(jiǎn)介 主成分分析 (PCA, principal component analysis)是一種數(shù)學(xué)降維方法, 利用正交變換(ortho...
