多序列比對(duì)（Multiple Sequence Alignment，簡(jiǎn)稱 MSA）大家應(yīng)該都不陌生了吧！這是用于比較多個(gè)序列相似性和差異性的常用分析方法。 在 Linux 系...
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多序列比對(duì)+繪制進(jìn)化樹+多序列比對(duì)logo圖 -
只有ID怎么做富集分析學(xué)習(xí)GO富集分析 一麸俘、準(zhǔn)備 如果想安裝動(dòng)物的數(shù)據(jù)庫(kù)可以用OrgDB數(shù)據(jù)庫(kù)，其中包含了19個(gè)模式物種對(duì)應(yīng)的全基因組注釋R包，方便直接根據(jù)物種基因ID進(jìn)行GO理疙，KEGG注釋分析等...
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GO富集分析（下）跑一遍 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和讀取 擬南芥數(shù)據(jù) 二泞坦、數(shù)據(jù)處理 三窖贤、可視化 1、氣泡圖 2贰锁、柱形圖 今天就不介紹圖形了赃梧，就跑個(gè)完整代碼~下次出專門介紹各種圖的。 生物信息學(xué)領(lǐng)域非常廣泛...
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蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)PPI的可視化一豌熄、力導(dǎo)向布局（Force-directed Layout）： 力導(dǎo)向布局可以通過(guò)模擬物理力（例如斥力和引力）來(lái)擺放節(jié)點(diǎn)授嘀，使得相互作用較強(qiáng)的蛋白質(zhì)會(huì)被拉得更近，反之則相隔更遠(yuǎn)...
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繪制SNP密度分布圖SNP密度圖是一種常用的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)可視化工具锣险，主要用于直觀展示單核苷酸多態(tài)性（SNP）在基因組上的分布密度蹄皱。 通過(guò)該圖，研究者可以有效地分析SNP在不同染色體或基因組區(qū)域的分...
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WGCNA(一文完整流程：文獻(xiàn)芯肤、步驟巷折、理論）一、文獻(xiàn) WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis崖咨，加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）是一種用于挖掘高維基因表達(dá)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)生...
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好看的火山圖這是我看別人數(shù)據(jù)畫的盔几，比一般的火山圖好看，那我們用上次的數(shù)據(jù)試一下掩幢。 1逊拍、上代碼，簡(jiǎn)單處理一下數(shù)據(jù)即可繪圖 2际邻、出圖（代碼正常運(yùn)行芯丧，數(shù)據(jù)自己調(diào)整啦~） 3、完畢 生物信息學(xué)領(lǐng)...
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學(xué)習(xí)ggmapcn高效繪制精美地圖在生物學(xué)和植物學(xué)研究中世曾，地圖作為展示物種分布缨恒、分析生態(tài)環(huán)境關(guān)系以及追蹤動(dòng)態(tài)變化的重要工具谴咸，具有不可或缺的作用。 通過(guò)地圖骗露，研究人員能夠直觀地呈現(xiàn)植物物種的地理分布范圍岭佳，深入探...
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怎么升級(jí)Linux中的R版本有的 R 包可能要求一個(gè)更高版本的 R 才能安裝或正常工作，所以先安裝或者更新R萧锉，來(lái)更輕松地安裝并使用最新的 R 包珊随。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...
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怎么在 Linux 中安裝 R 包（如 ape柿隙、ggplot2 和 ggtree）
一叶洞、 安裝 R 基礎(chǔ)環(huán)境 如果還沒(méi)有安裝 R，請(qǐng)先安裝 R 的基礎(chǔ)環(huán)境禀崖。在大多數(shù) Linux 發(fā)行版中衩辟，可以通過(guò)包管理器來(lái)安裝 R。 ① 對(duì)于 Ubuntu/Debian 系...
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測(cè)序技術(shù)
今天來(lái)學(xué)習(xí)波附，測(cè)序數(shù)據(jù)處理 1艺晴、初級(jí)處理：數(shù)據(jù)讀取、均一化掸屡、簡(jiǎn)單比對(duì)封寞； 2、深度學(xué)習(xí)：統(tǒng)計(jì)學(xué)分析折晦、功能注釋钥星、遺傳分析沾瓦、序列對(duì)比满着。 一、首先介紹一下概念 1. 數(shù)據(jù)讀取 數(shù)據(jù)讀取...
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全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) 測(cè)序技術(shù)第1節(jié) 測(cè)序技術(shù) 全基因組測(cè)序的英文是Whole Genome Sequencing贯莺，簡(jiǎn)稱WGS风喇，目前默認(rèn)指的是人類的全基因組測(cè)序。 所謂全（Whole）缕探，指的就是把物種細(xì)胞...
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全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ第2節(jié) FASTA和FASTQ 其實(shí)之前有寫過(guò)魂莫，F(xiàn)ASTA和FASTQ 的部分內(nèi)容。在本次就更詳細(xì)地介紹一下爹耗。 首先耙考，F(xiàn)ASTA 和 FASTQ 是存儲(chǔ)核苷酸序列信息（即 D...
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全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第3節(jié) 數(shù)據(jù)質(zhì)控第3節(jié) 數(shù)據(jù)質(zhì)控 一、正式流程的搭建潭兽，整個(gè)完整的流程分為以下6部分： ① 原始測(cè)序數(shù)據(jù) fastq 的質(zhì)控 QC倦始； ② read比對(duì)，排序和去除重復(fù)序列山卦； ③ Indel區(qū)域...
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多組學(xué)分析
一鞋邑、什么是多組學(xué)分析？ Multi-omics是指在一個(gè)研究中整合和分析多種組學(xué)數(shù)據(jù)的技術(shù)和方法，這些組學(xué)包括但不限于： ① 基因組學(xué)（Genomics）：研究基因及其功能枚碗。...
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全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié)構(gòu)建WGS主流程第4節(jié)構(gòu)建WGS主流程 這是WGS數(shù)據(jù)分析的流程圖逾一。流程的目的是準(zhǔn)確檢測(cè)出每個(gè)樣本（這里特指人）基因組中的變異集合，也就是人與人之間存在差異的那些DNA序列肮雨。 一遵堵、準(zhǔn)備階段 ...
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物種豐度堆積柱狀圖物種豐度堆積柱狀圖是一種常用的生態(tài)學(xué)可視化工具，用于展示不同物種在樣本中的相對(duì)豐度和組成酷含。 1鄙早、運(yùn)行代碼： #importdata and modify itphylum<-...
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一文讀懂短序列比對(duì)一、短序列比對(duì)椅亚、雙序列比對(duì)和多序列比對(duì)的區(qū)別 二限番、短序列比對(duì)主要是將測(cè)序的reads重新定位到基因組上，這個(gè)過(guò)程也叫回帖呀舔，mapping弥虐。 （1）基本概念 a. 覆蓋深度與覆...
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blast的功能和分類
1、引言 BLAST 是一種基于序列相似性進(jìn)行比對(duì)的常用算法媚赖。通過(guò)在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索相似序列霜瘪，BLAST 能夠快速識(shí)別和注釋序列的功能、結(jié)構(gòu)及進(jìn)化信息惧磺。 2颖对、基本原理 BLAST...
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BLAST的短序列比對(duì)blast的短序列比對(duì) blast所使用的query一般為基因等序列較長(zhǎng)的對(duì)象，但有時(shí)候我們也需要使用短的query序列[https://www.cnblogs.com/em...