多序列比對（Multiple Sequence Alignment，簡稱 MSA）大家應(yīng)該都不陌生了吧茉盏！這是用于比較多個序列相似性和差異性的常用分析方法壶运。 在 Linux 系...
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多序列比對+繪制進化樹+多序列比對logo圖 -
只有ID怎么做富集分析學(xué)習GO富集分析 一踪危、準備 如果想安裝動物的數(shù)據(jù)庫可以用OrgDB數(shù)據(jù)庫朗涩，其中包含了19個模式物種對應(yīng)的全基因組注釋R包愿待，方便直接根據(jù)物種基因ID進行GO糠惫，KEGG注釋分析等...
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GO富集分析（下）跑一遍 一实撒、數(shù)據(jù)準備和讀取 擬南芥數(shù)據(jù) 二姊途、數(shù)據(jù)處理 三、可視化 1知态、氣泡圖 2捷兰、柱形圖 今天就不介紹圖形了，就跑個完整代碼~下次出專門介紹各種圖的负敏。 生物信息學(xué)領(lǐng)域非常廣泛...
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蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)PPI的可視化一贡茅、力導(dǎo)向布局（Force-directed Layout）： 力導(dǎo)向布局可以通過模擬物理力（例如斥力和引力）來擺放節(jié)點，使得相互作用較強的蛋白質(zhì)會被拉得更近其做，反之則相隔更遠...
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繪制SNP密度分布圖SNP密度圖是一種常用的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)可視化工具顶考，主要用于直觀展示單核苷酸多態(tài)性（SNP）在基因組上的分布密度。 通過該圖妖泄，研究者可以有效地分析SNP在不同染色體或基因組區(qū)域的分...
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WGCNA(一文完整流程：文獻驹沿、步驟、理論）一蹈胡、文獻 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis渊季，加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析）是一種用于挖掘高維基因表達數(shù)據(jù)的系統(tǒng)生...
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好看的火山圖這是我看別人數(shù)據(jù)畫的，比一般的火山圖好看罚渐，那我們用上次的數(shù)據(jù)試一下却汉。 1、上代碼荷并，簡單處理一下數(shù)據(jù)即可繪圖 2合砂、出圖（代碼正常運行，數(shù)據(jù)自己調(diào)整啦~） 3源织、完畢 生物信息學(xué)領(lǐng)...
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學(xué)習ggmapcn高效繪制精美地圖在生物學(xué)和植物學(xué)研究中翩伪，地圖作為展示物種分布、分析生態(tài)環(huán)境關(guān)系以及追蹤動態(tài)變化的重要工具雀鹃，具有不可或缺的作用幻工。 通過地圖励两，研究人員能夠直觀地呈現(xiàn)植物物種的地理分布范圍黎茎，深入探...
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怎么升級Linux中的R版本有的 R 包可能要求一個更高版本的 R 才能安裝或正常工作，所以先安裝或者更新R当悔，來更輕松地安裝并使用最新的 R 包傅瞻。 一踢代、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...
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怎么在 Linux 中安裝 R 包（如 ape、ggplot2 和 ggtree）
一嗅骄、 安裝 R 基礎(chǔ)環(huán)境 如果還沒有安裝 R胳挎，請先安裝 R 的基礎(chǔ)環(huán)境。在大多數(shù) Linux 發(fā)行版中溺森，可以通過包管理器來安裝 R慕爬。 ① 對于 Ubuntu/Debian 系...
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測序技術(shù)
今天來學(xué)習，測序數(shù)據(jù)處理 1屏积、初級處理：數(shù)據(jù)讀取医窿、均一化、簡單比對炊林； 2姥卢、深度學(xué)習：統(tǒng)計學(xué)分析、功能注釋渣聚、遺傳分析独榴、序列對比。 一奕枝、首先介紹一下概念 1. 數(shù)據(jù)讀取 數(shù)據(jù)讀取...
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全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) 測序技術(shù)第1節(jié) 測序技術(shù) 全基因組測序的英文是Whole Genome Sequencing棺榔，簡稱WGS，目前默認指的是人類的全基因組測序倍权。 所謂全（Whole）掷豺，指的就是把物種細胞...
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全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ第2節(jié) FASTA和FASTQ 其實之前有寫過，F(xiàn)ASTA和FASTQ 的部分內(nèi)容薄声。在本次就更詳細地介紹一下当船。 首先，F(xiàn)ASTA 和 FASTQ 是存儲核苷酸序列信息（即 D...
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全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第3節(jié) 數(shù)據(jù)質(zhì)控第3節(jié) 數(shù)據(jù)質(zhì)控 一默辨、正式流程的搭建德频，整個完整的流程分為以下6部分： ① 原始測序數(shù)據(jù) fastq 的質(zhì)控 QC； ② read比對缩幸，排序和去除重復(fù)序列壹置； ③ Indel區(qū)域...
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多組學(xué)分析
一、什么是多組學(xué)分析表谊？ Multi-omics是指在一個研究中整合和分析多種組學(xué)數(shù)據(jù)的技術(shù)和方法钞护，這些組學(xué)包括但不限于： ① 基因組學(xué)（Genomics）：研究基因及其功能。...
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全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié)構(gòu)建WGS主流程第4節(jié)構(gòu)建WGS主流程 這是WGS數(shù)據(jù)分析的流程圖爆办。流程的目的是準確檢測出每個樣本（這里特指人）基因組中的變異集合难咕，也就是人與人之間存在差異的那些DNA序列。 一、準備階段 ...
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物種豐度堆積柱狀圖物種豐度堆積柱狀圖是一種常用的生態(tài)學(xué)可視化工具余佃，用于展示不同物種在樣本中的相對豐度和組成暮刃。 1、運行代碼： #importdata and modify itphylum<-...
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一文讀懂短序列比對一爆土、短序列比對椭懊、雙序列比對和多序列比對的區(qū)別 二、短序列比對主要是將測序的reads重新定位到基因組上步势，這個過程也叫回帖氧猬，mapping。 （1）基本概念 a. 覆蓋深度與覆...
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blast的功能和分類
1坏瘩、引言 BLAST 是一種基于序列相似性進行比對的常用算法狂窑。通過在數(shù)據(jù)庫中搜索相似序列，BLAST 能夠快速識別和注釋序列的功能桑腮、結(jié)構(gòu)及進化信息泉哈。 2、基本原理 BLAST...
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BLAST的短序列比對blast的短序列比對 blast所使用的query一般為基因等序列較長的對象破讨，但有時候我們也需要使用短的query序列[https://www.cnblogs.com/em...