這一篇會(huì)在 從零開(kāi)始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(二)基礎(chǔ)上開(kāi)始在circos繪制基因密度信息。為了保證一致性，可以新建如下幾個(gè)文件 circos.conf: karyotype....
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從零開(kāi)始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(三) -
10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析解釋皮膚損傷后的免疫激活程序好了递鹉，這一篇回歸我們的主業(yè)顿苇，分享單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的運(yùn)用垄潮，參考文章在Non-lesional and Lesional Lupus Skin Share Inflammato...
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hdWGCNA：?jiǎn)渭?xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.reibang.com/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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關(guān)于SMART-seq2建庫(kù)過(guò)程中template switching（模板轉(zhuǎn)換）的反應(yīng)機(jī)制的理解今天重讀了一遍SMART-seq2的原理梧奢，發(fā)現(xiàn)自己之前對(duì)于template switching的反應(yīng)過(guò)程的理解似乎并不合適蜂怎，因此便想把自己對(duì)于模板轉(zhuǎn)換反應(yīng)機(jī)制的理解寫(xiě)下來(lái)怕磨，以...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹(shù)提到尋找物種之間的同源基因喂饥，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來(lái)找直系同...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運(yùn)行cellranger及結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生肠鲫，我們今天就來(lái)了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法员帮。Cell R...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對(duì)miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測(cè)分析時(shí)导饲，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫(kù)捞高。通常對(duì)miRNA預(yù)測(cè)以3'UTR區(qū)域?yàn)橹鳎@就需要對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行UTR區(qū)域的提取渣锦。我在之前寫(xiě)...
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跟著Gut學(xué)畫(huà)圖：R語(yǔ)言ggtree包畫(huà)弦圖的簡(jiǎn)單小例子今天的推文內(nèi)容是模仿論文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure i...
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linux版本mrbayes和iqtree跑多基因樹(shù)基本思路就是利用phylosuite軟件下載序列硝岗，串聯(lián)尋找mrbayes和iqtree軟件的模型，然后用多線(xiàn)程的mrbayes和iqtree跑樹(shù)袋毙。 1.第一步利用phylos...
