今天在做富集分析的時候遇到下面的一個報錯： wrong orderBy parameter; set to default orderBy = "x"Error in DOS...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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我還要傻傻地獲取KEGG和GO富集分析通路中的基因名嘛？
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[富集分析] 3镇饮、clusterprofile富集分析--下游可視化1蜡豹、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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用TBtools仆嗦，快速高效實現(xiàn)基因組共線性分析與可視化磺平， 贊段标！寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴力麸，可以通過以下幾段內(nèi)容，了解一下育韩，我為什么要費勁巴拉畫出這樣一張圖克蚂。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹，最后出來的物種樹的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大筋讨，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹的埃叭，然后跟老師...
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日常搬磚
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9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件媚媒，還可以對進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評估，功能非常強(qiáng)大涩僻，要說缺點缭召，可能就是真的有點慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹逆日，這...
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Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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核酸和蛋白質(zhì)序列比對與序列特征分析
寫在前面神年，其中的一些具體原理包括算法以后或許會詳細(xì)添加已维。主要參考主源自李霞老師主編《生物信息學(xué)理論與醫(yī)學(xué)實踐》，陳銘《生物信息學(xué)》已日，馮世鵬《實用生物信息學(xué)》垛耳，冉隆科《生物信息...
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啟動子預(yù)測軟件匯總
啟動子預(yù)測軟件 Softberry：http://linux1.softberry.com/all.htm UCSC: http://genome.ucsc.edu/ EP...
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您好霉旗，我在運(yùn)行step4-2時沒有報錯沒有結(jié)果痴奏，分享的失效了，能再分享下嗎
測序了厌秒，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析
劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析读拆，就需要知道每個基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系鸵闪，以及基因與G...
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別人家的小孩a ·創(chuàng)建 gene2go 表格的那段代碼，循環(huán)里面不停地在拷貝內(nèi)存塊辟灰，效率很低的个榕，可以這樣做：
```
gene_ids <- rownames(eggnog_annoations)
eggnog_lines_with_go <- eggnog_annoations$GO.terms != ""
eggnog_annoations_go <- strsplit(eggnog_annoations$GO.terms[eggnog_lines_with_go], ",")
gene_to_go <- data.frame(GID = rep(gene_ids[eggnog_lines_with_go],
times = sapply(eggnog_annoations_go, length)),
GO = unlist(eggnog_annoations_go),
EVIDENCE = "IEA")
```
效率會提升很多 -
測序了芥喇，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析西采，就需要知道每個基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系乃坤，以及基因與G...
